Bedtools 是一個很好的用來處理區間的工具，很多時候用這個底層語言編寫的小工具比自己寫的腳本運行快很多，但是這個工具中的某些功能對輸入文件有一定的要求，比如說里面的一個merge函數，這是里面的一個note：

Note：

bedtools merge requires that you presort your data by chromosome and then by start position (e.g., sort -k1,1 -k2,2n in.bed > in.sorted.bed for BED files).

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　　剛開始看不懂這些參數是什么意思，后來查了一下資料，這里記錄下來，方便以后查閱。

　　

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　　這個命令這樣寫也許看的更清楚些： sort -k 1,1 -k 2,2n input.bed > input_sorted.bed

　　主要有兩個參數 -n 和 -k；

　　其中 -n 的意思是按照數值大小排序。（-n 參數在 2,2 后面， 它僅對第二列有效）

　　其中 -k 的意思是指定排序的列（域），比如說 -k 1,1? 表示僅僅對第一列有效， -k 2,2n 表示僅僅對第二列按照數字排序

　　其中 -t 的意思是指定行分隔符， 這里應該是 -t $'\t', 因為默認的也是， 所以可以省略。

轉載于:https://www.cnblogs.com/Demo1589/p/6962883.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的关于bedtools merge 功能中sort 命令的解释的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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