高斯(Gaussian)相關(guān)的免費(fèi)軟件 2nd version [2010-09-25]

獻(xiàn)給初學(xué)高斯并掙扎的同志們…(經(jīng)常總結(jié)確實(shí)能學(xué)到很多東西)

Gaussian相關(guān)的免費(fèi)軟件(Gaussview除外) 圖形分析界面

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(Second edited by 廢man 2010-09-25 12:39 )

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除了Gaussian使用的軟件外， /software 提到了眾多的分子模擬軟件，歡迎大家去看看。

Molden http://www.cmbi.ru.nl/molden/ (免費(fèi))電子密度

是由荷蘭的G. Schaftenaar于1991年開發(fā)的從頭算Gamess，Gaussian半經(jīng)驗(yàn)Mopac/Ampac接口的電子密度顯示軟件，通常運(yùn)行Unix環(huán)境下，indows下需要安裝X-WinPro來(lái)支持其運(yùn)行。Molden可以顯示分子軌道電子密度等值線圖3D格點(diǎn)圖等，同時(shí)可以輸出postscriptXWindows、VRML、Povray、OpenGL、tekronix4014、hpgl和hp2392格式的文件Molden可以讀取chemxPDB、mopac/ampac以及其它一些格式的文件。Molden有方便的Z編輯器，可以方便的對(duì)構(gòu)建的分子進(jìn)行操作。對(duì)于高斯而言，與Molden結(jié)合使用的時(shí)候需要使用IOP(6/7=3)關(guān)鍵字。/~kalju/chem226/public/task2A.html

Molekel http://molekel.cscs.ch/ (免費(fèi))

分子模型和電子結(jié)構(gòu)顯示的免費(fèi)工具，支持的分子結(jié)構(gòu)計(jì)算程序輸出文件格式有：GAUSSIANGAMESS-US、ADF、ZINDO、MOS、HONDO, Jaguar, MOLPRO, HyperChem, Mopac, NWChem和QChem等和NBO等。支持Z-matrix格式Chem3D直角坐標(biāo)CACAO直角坐標(biāo)XYZ等多種的文件。Molekel通過讀取相關(guān)的結(jié)果文件，可以制作分子的電子密度圖分子軌道圖靜電勢(shì)圖等，為了顯示高斯的結(jié)果，通常需要關(guān)鍵字#P GFPRINT, POP=FULL, iop(6/7=3)”。http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/ElectronDensity

http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/GridData

此外，(Molkel)Molekel還支持高斯的NBO結(jié)果，具體方法參考紫霞或廈大論壇Elizerbeth老鳥的教程：/boardcon.php?bid=153&id=19255&ftype=1&num=785

用Molekel畫軌道圖形/html/200907/1449889.html

GaussSum /projects/gausssum/

/ (免費(fèi))

支持ADF，GAMESS(US)，GAMESS-UK，Gaussian，和PC-GAMESS的結(jié)果，包括UV-Vis/IR/Raman光譜，能級(jí)和分子軌道的貢獻(xiàn)等，可以顯示SCF收斂過程，結(jié)構(gòu)優(yōu)化過程的能量變化等，提取分子軌道信息，包括原子對(duì)分子軌道的貢獻(xiàn)，特別的可以繪制態(tài)密度和部分態(tài)密度譜圖，晶體軌道重疊布居(COOP)譜圖，可以給出成鍵或反鍵信息，也可以顯示UV-Vis躍遷的信息，包括原子電荷密度的變化等。

Arguslab, / (免費(fèi))

由于靜電勢(shì)，電子密度，拉普拉斯電子密度，分子軌道的顯示是大家關(guān)心的問題，而高斯手冊(cè)關(guān)于這些內(nèi)容的計(jì)算的說(shuō)明并不是十分詳細(xì)，而Arguslab提供了和Gaussian的使用接口，可以直接向高斯提交計(jì)算任務(wù)，其關(guān)于cube的計(jì)算設(shè)置非常方便，如下圖所示，可以進(jìn)行靜電勢(shì)，電子密度，拉普拉斯電子密度等計(jì)算。不熟悉的網(wǎng)友可以編輯好輸入文件以后查看生成的gjf文件格式熟悉各種cube文件的制作。

此外，也可以通過Surface下拉菜單的Make Surface選項(xiàng)查看當(dāng)前得到的cube文件的圖形，具體操作方式請(qǐng)參考軟件的幫助。

具體使用方法參考軟件的說(shuō)明。由于這一軟件支持的基組有限，因此當(dāng)前的版本還不能夠用于有關(guān)的重原子的贗勢(shì)基組的計(jì)算。除了Gaussian，這一軟件還支持HyperChem的結(jié)果。注意，Arguslab只支持*.fch和*.log格式的高斯結(jié)果文件，并不支持*.out格式的高斯結(jié)果文件。

Gabedit / (免費(fèi))

這個(gè)軟件提供了多種軟件的使用接口，包括GAMESS(US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO , MPQC, Open

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的在linux中用高斯09优化分子结构,高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25].doc...的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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