Centos安装Lammps教程——intel、openmpi、fftw环境
LAMMPS安裝教程
Tips：安裝過程不難，細(xì)心仔細(xì)，遇到問題百度會幫你
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
一.32位庫環(huán)境配置
打開CentOS系統(tǒng)，進(jìn)入root用戶。
在所有安裝開始之前，先配置好所涉及的32位庫文件。具體過程如下：
分別使用以下命令，將所查找到的所有文件，使用yum install 文件名更新或安裝，gcc安裝gcc、gcc-c++、gcc-gortran。
yum list libstdc*yum list glibc*yum list libgcc*yum list gcc*Xorg X11 libXss runtime libraryyum install libXScrnSaveryum install libXScrnSaver.i686更新、安裝好后再輸入這三個命令查看是否已經(jīng)安裝完畢，特別注意以.i686為后綴的文件一定要安裝好，那就是32位庫文件。
安裝好后檢查一下，例如，使用 yum list libstdc*命令檢查可見，所有安裝包都可在Installed Packages一欄中找到。
切換成普通用戶繼續(xù)之后的操作
二.Intel-parallel_studio XE 2019 安裝
（1）工作準(zhǔn)備
將軟件Intel-parallel_studio XE 2019、openmpi 3.1.3、fftw 3.3.9拷貝到工作站
（2）安裝
打開安裝包所在目錄終端界面，輸入以下命令：
tar -zvxf parallel_studio_xe_2019_update4_cluster_edition.tgzcd parallel_studio_xe_2019_update4_cluster_edition.tgz./install.sh安裝開始，具體操作步驟如下：
安裝過程步驟：
Enter回車，跳過歡迎界面；
一直按空格到，可以輸入accept，接受協(xié)議；
3. 輸入1，Enter回車，同意，接下來進(jìn)入安裝前的檢查，等待幾分鐘；
4.檢查完畢，，回車跳過；
5. 進(jìn)入選擇激活方式選擇，輸入2，回車，選擇證書文件激活；
6.回車，選擇證書文件激活；
7. 輸入證書文件（License解壓后）的完整路徑，回車，會顯示激活成功，繼續(xù)回車進(jìn)入下一步；
/home/gg/software/license注意：/home/gg/software為你放置License的路徑
8. 默認(rèn)回車；
9. Intel-parallel_studio XE 2019 默認(rèn)安裝目錄為/home/gg/intel，回車（或者選2，更改安裝目錄）
10. 開始安裝；
11. 安裝成功！
（3）環(huán)境變量設(shè)置
打開終端界面，輸入以下代碼，進(jìn)入~/.brshrc添加環(huán)境變量
vi ~/.bashrc按方向鍵↓至文檔末尾處，按insert進(jìn)入寫入模式加入以下語句：
# intel 2019 environment variablesource /home/gg/intel/bin/compilervars.sh intel64source /home/gg/intel/bin/ifortvars.sh intel64source /home/gg/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64export PATH=/home/gg/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243/linux/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/home/gg/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243:$LD_LIBRARY_PATH注意：/home/gg/intel/部分根據(jù)你的安裝路徑替換。
按ESC退出，輸入以下代碼保存：
回車后，再輸入以下代碼更新環(huán)境變量設(shè)置：
source ~/.bashrc（4）驗證
輸入?which icc ifort icpc mpiifort?檢查環(huán)境變量是否設(shè)置成功，成功則顯示路徑。
三. openmpi 3.1.3 的安裝
（1）程序安裝
逐步輸入以下命令：
tar zxvf openmpi-3.1.3.tar.gzcd openmpi-3.1.3./configure --prefix=/home/gg/openmpi-3.1.3 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifortmakemake install注意：/home/gg/openmpi-3.1.3為安裝目錄，可自行替換。
（2）環(huán)境變量設(shè)置
方法同上，在~/.bashrc中加入以下語句：
# openmpi 3.1.3 environment variableif [ -f /home/gg/intel/bin/ifortvars.sh ]; thensource /home/gg/intel/bin/ifortvars.sh intel64 2> /dev/nullexport MPI=/home/gg/openmpi-3.1.3export PATH=$MPI/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/manexport INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/manexport INCLUDE=$MPI/include:$INCLUDEfi（3）測試安裝成功
1.輸入which mpirun mpif90 檢查環(huán)境變量是否設(shè)置成功，檢查環(huán)境變量是否設(shè)置成功，成功則顯示路徑。
2.在openmpi-3.1.3安裝包路徑中（注意是安裝包路徑！！），輸入以下命令：
cd examples/makempicc hello_c.c –o hello_cmpirun -np 4 ./hello_c出現(xiàn)以下界面則安裝成功。?
四.?fftw 3.3.9的安裝
（1）程序安裝
逐步輸入以下命令：
tar zxvf fftw-3.3.9.tar.gzcd fftw-3.3.9/./configure --prefix=/home/gg/fftw-3.3.9 --enable-mpi F77=ifort F90=ifortmakemake install注意：?/home/gg/fftw-3.3.9 為安裝目錄，可自行替換。
（2）環(huán)境變量設(shè)置
方法同上，更改bashrc文件
vi?~/.bashrc在文件中加入以下語句：
# fftw 3.3.9 environment variableexport PATH=/home/gg/fftw-3.3.9/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/home/gg/fftw-3.3.9/lib:$LD_LIBRARY_PATH注意：安裝路徑如有不同請自行替換。
最后更新環(huán)境變量：
source ~ /.bashrc（3）測試安裝成功
檢查 “/home/gg/fftw-3.3.9/lib/libfftw3_mpi.a”文件是否存在，若存在，則安裝成功。
五.?Lammps安裝
（1）準(zhǔn)備工作
將Lammps拷貝到工作站中
（2）安裝
1.解壓包：
tar zxvf lammps-xxx.tar2.修改makefile：
cd /home/gg/software/lammps-11Jan12/src/MAKE/vim Makefile.mpi修改以下紅色標(biāo)記，將路徑修改為自己的安裝路徑：
| # mpi = MPI with its default compiler SHELL = /bin/sh # --------------------------------------------------------------------- # compiler/linker settings # specify flags and libraries needed for your compiler CC =???????????? mpicxx CCFLAGS =? -g -O3 -restrict SHFLAGS =? -fPIC DEPFLAGS =????? -M LINK =????????? mpicxx LINKFLAGS =????? -g -O LIB = SIZE =????????? size ARCHIVE =?? ar ARFLAGS =? -rc SHLIBFLAGS =??? -shared # --------------------------------------------------------------------- # LAMMPS-specific settings, all OPTIONAL # specify settings for LAMMPS features you will use # if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean" # LAMMPS ifdef settings # see possible settings in Section 2.2 (step 4) of manual LMP_INC =?? -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64 # MPI library # see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual # MPI wrapper compiler/linker can provide this info # can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial # use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings # PATH = path for MPI library # LIB = name of MPI library MPI_INC =?????? -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/gg/openmpi-3.1.3/include MPI_PATH = ????? -L/home/gg/openmpi-3.1.3/lib MPI_LIB =???? -lmpi # FFT library # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual # can be left blank to use provided KISS FFT library # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library # LIB = name of FFT library FFT_INC =??? ??? -DFFT_FFTW3 -I/home/gg/fftw-3.3.9/include FFT_PATH = ????? -L/home/gg/fftw-3.3.9/lib FFT_LIB =??? -lfftw3 # JPEG and/or PNG library # see discussion in Section 2.2 (step 7) of manual # only needed if -DLAMMPS_JPEG or -DLAMMPS_PNG listed with LMP_INC # INC = path(s) for jpeglib.h and/or png.h # PATH = path(s) for JPEG library and/or PNG library # LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG library JPG_INC =?????? JPG_PATH = ????? JPG_LIB =??? ............... |
注意：黃色部分為自己安裝路徑
Intel編譯器安裝opt擴(kuò)展包需要加-restrict
保存退出?
3.編譯package
（1）編譯標(biāo)準(zhǔn)庫
輸入下述命令：
cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-ASPHERE yes-BODY yes-CLASS2 yes-COLLOID? yes-COMPRESS yes-CORESHELL yes-DIPOLE yes-GRANULAR yes-KSPACE yes-MANYBODY yes-MC? yes-MISC yes-MOLECULE yes-MPIIO yes-OPT yes-PERI yes-QEQ? yes-REPLICA yes-RIGID yes-SHOCK yes-SNAP yes-SPIN yes-SRD（2）編譯poems
#參見lammps用戶手冊4.1 Standard Packages
cd ~/software/lammps-11Jan12/lib/poemsmake -f Makefile.icc?cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-poems（3）編譯meam
#參見lammps用戶手冊4.1 Standard Packages
更改Makefile文件：
cd ~/software/lammps-11Jan12/lib/meamrm *.ocp Makefile.lammps.ifort Makefile.lammpsmake -f Makefile.ifortvi Makefile.lammps將文本內(nèi)容按以下更改：
meam_SYSINC =
meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml –liompstubs5 -limf
meam_SYSPATH=
-L/home/gg/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243/linux/compiler/lib/ia32_lin
注：黃色部分為intel安裝路徑
保存退出
執(zhí)行以下命令：
cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-meam（4）編譯reax
#參見lammps用戶手冊4.1 Standard Packages
更改Makefile文件：
cd ~/software/lammps-11Jan12/lib/reaxrm *.ocp Makefile.lammps.ifort Makefile.lammpsmake -f Makefile.ifortvi Makefile.lammps將文本內(nèi)容按以下更改：
reax_SYSINC =
reax_SYSLIB = -lifcore
reax_SYSPATH= -L/home/gg/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243/linux/compiler/lib/ia32_lin
保存退出
執(zhí)行以下命令：
cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-reax（5）編譯user庫
cd ~/software/lammps-11Jan12/srcmake yes-USER-BOCS yes-USER-CGDNA yes-USER-CGSDK yes-USER-DIFFRACTION yes-USER-DPD yes-USER-DRUDE yes-USER-EFF yes-USER-FEP yes-USER-INTEL yes-USER-LB yes-USER-MANIFOLD yes-USER-MEAMC yes-USER-MESO yes-USER-MGPT yes-USER-MISC yes-USER-MOFFF yes-USER-MOLFILE yes-USER-OMP yes-USER-PHONON yes-USER-PTM yes-USER-QTB yes-USER-REAXC yes-USER-SMTBQ yes-USER-SDPD yes-USER-SPH yes-USER-TALLY yes-USER-UEF4.編譯Lammps
輸入make mpi開始安裝編譯Lammps
如果編譯成功，會生成一個lmp_mpi文件。
5.導(dǎo)入PATH
編輯在bashrc文件：
vi ~/.bashrc在文件最末端，輸入以下內(nèi)容：
export PATH=/home/guoxin/software/lammps-11Jan12/src:$PATH更新配置文件
source ~/.bashrc7.測試
進(jìn)入lammps自帶例子文件夾下
cd /home/gg/software/lammps-11Jan12/examples/shearmpirun -np 3 lmp_mpi < in.shear若之前沒更改環(huán)境文件，應(yīng)加上絕對路徑
/home/gg/openmpi-3.1.3/bin/mpirun -np 3 /home/gg/.../in.shear/home/gg/openmpi-3.1.1/bin/mpirun為openmpi安裝路徑下的mpirun位置
-np 3為調(diào)用3個cpu核數(shù)
/home/gg/.../in.shear為in.shear文件的位置
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的Centos安装Lammps教程——intel、openmpi、fftw环境的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇： 前端学习（3133）：react-hel
- 下一篇： Centos 部署OpenVP* 证书+