每次進行lammps模擬都需要進行建模，前面幾篇文章主要介紹了lammps自帶的建模命令，比較簡單的模型使用lammps建模比較方便。

如果模型比較復雜，建議使用其他建模軟件，如MS、Atomsk等。

建模軟件沒有優劣之分，我們的目的就是建好模型，滿足模擬需要就可以。

不同的建模軟件適用范圍也不一樣，靈活搭配使用效果更好。

比如，我一般使用MS進行聚合物建模，使用Atomsk進行位錯建模，并不局限于一種建模軟件。

Atomsk可以自己建立晶胞，也可以使用網上下載的晶體cif文件進行擴胞。

Atomsk軟件很小，沒有可視化的操作界面，主要是通過命令行的形式進行建模。

只要掌握了常用的那幾條命令基本上就夠用了。

這個文章以建立長方形Al塊為例介紹規則晶體的建模方法，主要的建模過程為：

1.下載安裝Atomsk軟件

以windows系統為例，新建一個文件夾存儲建模文件，將安裝目錄里的Atomsk.exe文件拷貝到剛才新建的文件內。

開始菜單->cmd，打開命令行輸入窗口，使用CD命令進入剛才新建的文件夾。

2.建立Al單胞
Al為fcc類型，晶格常數4.05，使用create命令建立一個Al單胞，結果存儲到Al_cell.xsf。

atomsk.exe --create fcc 4.05 Al Al_cell.xsf

結果如下：

3 建立超晶胞
使用duplicate命令在xyz三個方向進行擴胞，建立超晶胞Al_supercell.lmp。

atomsk.exe Al_cell.xsf -duplicate 5 5 5 Al_supercell.lmp

結果如下圖：

Al_supercell.lmp文件就是可以被lammps直接讀取的data文件。
上面的命令也可以合并為一條命令：

#建立W的模型 atomsk.exe --create bcc 3.155 W -duplicate 5 5 5 W.lmp #hcp類型,-orthogonal-cell命令可把模型轉換為正交類型 atomsk.exe --create hcp 3.21 5.213 Mg -orthogonal-cell -duplicate 3 4 5 Mg.lmp

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的lammps教程：晶体建模之Atomsk方法（1）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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