lammps教程:create_box 命令详解
lammps模擬時(shí)所有的原子都必須位于一個(gè)有限的區(qū)域內(nèi),這個(gè)有限的區(qū)域也就是所謂的模擬盒子:box。
因此,在創(chuàng)建原子之前,要先創(chuàng)建box,用到的命令為create_box。
create_box的語(yǔ)法為:
其中,N為盒子內(nèi)包含的原子個(gè)數(shù),region-ID為區(qū)域名稱。
1. 創(chuàng)建正交box
創(chuàng)建一個(gè)模擬盒子之前必須先創(chuàng)建一個(gè)區(qū)域,在此區(qū)域的基礎(chǔ)上創(chuàng)建盒子。
例如創(chuàng)建一個(gè)大小為101010的立方區(qū)域,名稱為mybox。以mybox尺寸創(chuàng)建box,box內(nèi)含有1種原子。
如果region為球形,lammps首先計(jì)算出一個(gè)外切于此球的立方區(qū)域,應(yīng)以此創(chuàng)建box,而不是創(chuàng)建一個(gè)球形的box。
例如:
以上命令創(chuàng)建的盒子大小為101010。
2. 創(chuàng)建非正交box
如果region區(qū)域?yàn)榉钦粎^(qū)域,則以此區(qū)域可以創(chuàng)建非正交box。
3. 創(chuàng)建復(fù)雜box
如果box內(nèi)原子之間有鍵或角等信息,需要在創(chuàng)建box時(shí)指定鍵角等數(shù)量,具體格式為:
例如創(chuàng)建含有H2O分子的box:
region box block 0 10 0 10 0 10 units box create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &extra/special/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1create_box命令應(yīng)該是相對(duì)簡(jiǎn)單的一個(gè)命令,但要記住每個(gè)模型只有一個(gè)box,create_box用一次就足夠了。
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總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的lammps教程:create_box 命令详解的全部?jī)?nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。
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