lammps教程：group命令詳解

• • （1）配合region使用，把某一區(qū)域的原子歸入到一個(gè)組中。
  • （2）配合type命令，可以將多種類型的原子歸為一組
  • （3）配合原子id可將特定的原子歸入到一組

在lammps模擬過程中，group基本上是每次都會(huì)用到的一個(gè)命令。從命令關(guān)鍵字上也能猜出來，group就是對(duì)原子進(jìn)行分組的意思。

被group后的原子會(huì)被分配一個(gè)group-ID，這個(gè)group-ID被用到fix、compute、dump等命令中。

例如fix命令中的第二個(gè)參數(shù)就是group-ID：

fix ID group-ID style_name keyword value ... fix 1 water npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0

即使不對(duì)原子進(jìn)行分組，lammps也會(huì)設(shè)置一個(gè)默認(rèn)的原子組：all，也就是把所有的原子全部劃分到all組內(nèi)。

例如對(duì)系統(tǒng)所有原子進(jìn)行溫度初始化，可以使用下面的語句，其中all就是默認(rèn)的group-ID：

velocity all create 300.0 4928459

常用的分組方式有以下幾種：

（1）配合region使用，把某一區(qū)域的原子歸入到一個(gè)組中。

例如在納米銅的拉伸時(shí)，需要一端固定，另一端施加一定的速度進(jìn)行拉伸，這就需要把Cu原子劃分為三個(gè)組：
left：固定組
right：速度加載組
mobile：中間組

group命令配合union關(guān)鍵字可實(shí)現(xiàn)兩個(gè)組的合并，例如left和right組合并為boundary組，可以寫為：

group boundary union left right

配合substract關(guān)鍵字可實(shí)現(xiàn)減法操作，所有原子減去boundary原子即為中間moible原子，可以寫為：

group mobile subtract all boundary

Cu拉伸建模全部代碼如下：

#模型基本設(shè)置 units metal dimension 3 boundary p s p neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 0 timestep 0.001 #設(shè)置晶格參數(shù)，生成box lattice fcc 3.61 region box block 0 20 0 5 0 5 create_box 3 box create_atoms 1 box #設(shè)置Cu原子質(zhì)量 mass 1 64 mass 2 64 mass 3 64 #設(shè)置left和right區(qū)域，以此region設(shè)置group region left block INF 2 INF INF INF INF group left region left set group left type 2 region right block 18 INF INF INF INF INF group right region right set group right type 3 #group組加減操作 group boundary union left right group mobile subtract all boundary #保存模型數(shù)據(jù) write_data Cu.data

（2）配合type命令，可以將多種類型的原子歸為一組

#將原子類型為3和4的原子全部歸入到water組

group water type 3 4

（3）配合原子id可將特定的原子歸入到一組

#原子id為10、25、50的三個(gè)原子歸入到sub組 group sub id 10 25 50 #原子id從500到1000的全部原子歸入到sub組 group sub id 500:1000 #原子id為100、110、120...10000的原子歸入到sub組 group sub id 100:10000:10 #原子id小于或等于150的原子歸入到sub組 group sub id <= 150

需要注意的是，lammps最多支持32個(gè)group（包含all組），如果定義的組過多，可將不再使用的組刪除：

group boundary delete

group命令在模擬過程中使用比較頻繁，靈活掌握以上幾種應(yīng)用基本上能夠滿足要求，更多的設(shè)置方式可以查看lammps手冊(cè)。
更多l(xiāng)ammps教程和案例請(qǐng)關(guān)注微信公眾號(hào)：lammps加油站

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的lammps教程：group命令详解的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯(cuò)，歡迎將生活随笔推薦給好友。