GULP 案例 1 代码解释:声子色散曲线和态密度的计算
生活随笔
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GULP 案例 1 代码解释:声子色散曲线和态密度的计算
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
晶格動力學GULP程序運行過程如下:
輸入文件(input),文件后綴一般為:××.gin
運行命令為:gulp < ××.gin > ZnO.dat
# < 為輸入文件命令(××.gin),> 為輸入文件命令(ZnO.dat)
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opti conp prop phonon #關鍵詞:需要的計算何種性質# opti— perform optimisation run(聲明是結構優化) # conp — constant pressure calculation(聲明是等壓計算) # prop — calculate properties for final geometry(聲明是最終的計算性質) # phonon — calculate phonons for final geometry(聲明是計算聲子相關特性)name ZnO-WZ #聲明計算物質的名字cell 3.242 3.242 5.188 90.0 90.0 120.0 #聲明ZnO-WZ結構的晶格參數(晶格常數和角度)Fractional Zn core 0.333333 0.666667 0.000000 O core 0.333333 0.666667 0.381900 #聲明Zn和O原子的歸一化坐標space 186 #聲明物質的空間群shrink 40 40 40 # 指定倒數空間中的收縮因子。收縮因子越高,對k空間的采樣越廣泛,同時,k值越大越耗時!!!dispersion 0.5 0.0 0.0 to 0.0 0.0 0.0 #選擇布里淵區掃描路徑(高對稱點)project_dos 1 Zn # 指定輸出態密度(Total和Zn原子)species Zn 1.14 O -1.14 # 指定電荷種類和電荷量buck Zn Zn 78.91 0.5177 0.00 0.0 12.0 Zn O 257600 0.1396 0.00 0.0 12.0Morse O O 0.1567 1.164 3.405 0.0 12.0 #指定勢函數的形式和勢參數output phon ZnO #指定輸出聲子色散曲線以及態密度等數據信息完整的輸入文件示下:
opti conp prop phononname ZnO-WZ cell 3.242 3.242 5.188 90.0 90.0 120.0 frac Zn core 0.333333 0.666667 0.000000 O core 0.333333 0.666667 0.381900 space 186 shrink 40 40 40 dispersion 0.5 0.0 0.0 to 0.0 0.0 0.0 project_dos 1 Ospecies Zn 1.14 O -1.14buck Zn Zn 78.91 0.5177 0.00 0.0 12.0 Zn O 257600 0.1396 0.00 0.0 12.0Morse O O 0.1567 1.164 3.405 0.0 12.0 output phon ZnO模擬方法:
輸出文件:一般將會產生三個文件,分別為:ZnO.disp、ZnO.dens和ZnO.dat
1. ZnO.dat輸出文件:主要包含一些結構信息、原子數目、空間群信息等
2. ZnO.disp 輸出文件:主要是聲子色散曲線的數據,還包括高對稱點的信息
繪圖結果如下:
3. ZnO.dens 輸出文件:只要是態密度數據信息
繪圖結果如下:
大家需要了解的一些概念:
聲子譜(聲子色散曲線)、態密度、布里淵區、高對稱點、空間群、歸一化坐標、波矢、倒空間、晶格常數、晶格參數
六方晶系的高對稱點掃描路徑:
關于高對稱點的參考文獻:
High-throughput electronic band structure calculations: Challenges and tools
https://doi.org/10.1016/j.commatsci.2010.05.010
歡迎大家關注微信公眾號:原子與分子模擬
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的GULP 案例 1 代码解释:声子色散曲线和态密度的计算的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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