1，安裝easyPubMed包：

install.packages("easyPubMed")

2，關鍵字搜索下載摘要信息

library(easyPubMed) query <- "GATK" #以關鍵字“GATK”為例 file_name <- "GATK" #保存結果的輸出文件的文件名前綴 path <- "C:\\Users\\EDY\\Desktop\\GATK_abstra" setwd(path) #設置結果文件的保存路徑 out.A <- batch_pubmed_download(pubmed_query_string = query,format = "xml",batch_size = 100, #每個文件保存的記錄個數dest_file_prefix = file_name,encoding = "UTF8")

運行完成后在"C:\Users\EDY\Desktop\GATK_abstra"目錄下會生成對應的xml文件：
一共會生成多少文件取決于在PubMed一共有多少記錄以及“batch_size”參數的設置。

文件的內容大致如下：

3，從xml文件中提取信息（pmid、doi、摘要等）

path <- "C:\\Users\\EDY\\Desktop\\GATK_abstra" merge_txt <- paste0(path,"\\GATK01.txt") #也可以把多個文件合并到一起再操作 abstra_df <- table_articles_byAuth(pubmed_data = merge_txt, included_authors = "first", max_chars = 100000000, encoding = "UTF8") outfile <- paste0(path,"\\GATK.abstra") write.table(abstra_df,outfile,row.names=F,sep="\t",quote=T)

運行完成后會生成“GATK.abstra”文件，對應的內容如下：

第一行為表頭，一共14列，其中第四列即為摘要信息。

4，設置好腳本，即可實現對多種搜索條目的批量查找和信息保存了

總結

以上是生活随笔為你收集整理的R语言批量下载PubMed摘要的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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