R語言---Ubuntu中R語言更新至R4.2

• • • • 1. Ubuntu18.04升級R語言至R4.2
      • • （1）更新下載地址
        • （2）sudo下載
      • 2. 重新下載R包
      • • （1）只更新Bioconductor包
        • （2）更新所有包
      • 3. R包devtools下載
      • 4. 總結

時間： 2022-10-23

1. Ubuntu18.04升級R語言至R4.2

進入R官網（https://cloud.r-project.org/）進入ubuntu下載頁面，或者直接搜索Ubuntu Packages For R - Brief Instructions進入。

（1）更新下載地址

# update indices sudo apt update -qq# install two helper packages we need sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos # To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc # Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | \sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

（2）sudo下載

下載最新版本R語言

sudo apt install --no-install-recommends r-base

使用上面的參數只下載必要的依賴文件：

詳細版本的R更新可以查看：

https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/fullREADME.html

2. 重新下載R包

（1）只更新Bioconductor包

以ComplexHeatmap為例：

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ComplexHeatmap.html

發現現在的頁面版本是Bioconductor version: Release (3.15)，不確定版本可以使用下面嘗試加載命令，會提示正確版本信息：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")

隨后更新BiocManager版本至3.15，此時就會更新所有的Bioconductor包（比較費時）：

BiocManager::install(version = '3.15')

（2）更新所有包

更新CRAN， Bioconductor和Github上的R包：

require(rvcheck) update_all()

可以考慮將該命令放入系統中，每個月或幾個月更新一次，實現R包更新自動化，不必每次手動檢查了：

rvcheck::update_all()

3. R包devtools下載

為了更好的使用Github中的R包，需要下載devtools以此來獲得Github中的野包（未被CRAN收錄）：
打開R4.2.1，下載devtools：

install.packages("devtools")

該軟件包含很多依賴包，下載到后面出現報錯：

usethis R包不能安裝，提示gert這個依賴包不能安裝。

仔細看報錯信息，看Ubuntu那行原來是缺少系統文件：

Configuration failed to find libgit2 library. Try installing:* brew: libgit2 (MacOS)* deb: libgit2-dev (Debian, Ubuntu, etc)* rpm: libgit2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)

下載系統文件：

sudo apt install libgit2-dev

繼續下載遇到同樣的錯誤，看Ubuntu那行原來是缺少系統文件：

Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing:* deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc)* rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL)* csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev (Solaris)* brew: harfbuzz fribidi (OSX) If harfbuzz freetype2 fribidi is already installed, check that 'pkg-config' is in your PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a harfbuzz freetype2 fribidi.pc file. If pkg-config is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via: R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...' -------------------------- [ERROR MESSAGE] --------------------------- <stdin>:1:10: fatal error: hb-ft.h: 沒有那個文件或目錄 compilation terminated. -------------------------------------------------------------------- ERROR: configuration failed for package ‘textshaping’ * removing ‘/home/cfc424/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/textshaping’下載的程序包在‘/tmp/RtmpBDL8b7/downloaded_packages’里 Warning message: In install.packages("textshaping") :

下載系統文件：

sudo apt install libharfbuzz-dev libfribidi-dev

再次運行install.packages("devtools")，順利完成，成功安裝devtools。

4. 總結

R語言版本和R包版本是要常常更新的，否則時間長了，容易出現軟件安裝無法安裝依賴包情況，這個時候，如果軟件依賴過多，就只能重新下載R語言了，不必折騰過老的R版本，毫無價值。

有點問題，還是存在一些包版本未升級，只能用的時候自己update一下了。

參考：
https://cloud.r-project.org/ （R官網）
https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/fullREADME.html （下載R和R包全文檔）
https://github.com/r-lib/textshaping/issues/21 （devtools安裝中報錯查詢）
https://askubuntu.com/questions/65081/what-are-the-implications-of-no-install-recommends-apt-get-install

總結

以上是生活随笔為你收集整理的R语言---Ubuntu中R语言更新至R4.2.1和R包devtools下载的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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