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ChIP-Atlas收集整理了SRA數據庫中的大量chip_seq數據，并基于這些原始數據進行了后續分析，將分析結果整理成在線服務并發布，方便檢索與查詢，網址如下

https://chip-atlas.org/

構建的流程如下

下載SRA原始數據，采用sratoolkit轉換成fastq, 然后用bowtie2比對參考基因組，用macs2進行peak calling。官網提供了以下幾個功能

1. Peak Browser

瀏覽不同物種，不同細胞類型，不同抗體的peak結果，檢索框示意如下

可以下載BED格式的結果。

2. Target genes

定義TSS上下游的區間作為靶基因的篩選范圍，如果peak與某個基因的TSS兩側范圍存在交集，則認為該基因是候選的靶基因之一。搜索框如下所示

檢索結果如下

3. Colocalization

有些轉錄因子在行使功能時是通過蛋白復合體的形式來發揮作用，比如Pou5f1，Nanog, Sox2這三個轉錄因子，它們對應的peak區間在基因上的位置是非常的鄰近的，Colocalization分析就是比較多個轉錄因子的chip數據，來識別潛在的蛋白復合體，檢索框如下

檢索結果如下

4. Enrichment Analysis

和靶基因分析正好相反，靶基因是輸入轉錄因子的名稱，查詢預測的靶基因，而這部分內容是輸入基因名稱或者基因組區域，查詢可以結合的轉錄因子。檢索框如下所示

結果示意如下

通過ChIP-Atlas網站，可以方便的查詢已有的chip_seq數據結果。

·end·

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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