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编程问答

探索性数据分析

發(fā)布時間:2023/12/14 编程问答 60 豆豆
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 探索性数据分析 小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
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探索性數(shù)據(jù)分析

介紹

當(dāng)有人扔給你一份數(shù)據(jù)時,你對這份數(shù)據(jù)完全陌生,又沒有足夠的業(yè)務(wù)背景,會不會感覺無從下手。如果你什么都不管,直接把數(shù)據(jù)喂給各種模型,卻發(fā)現(xiàn)效果不好,因為你沒有好的特征,那么你可能需要的是數(shù)據(jù)探索。
首先什么是探索性數(shù)據(jù)分析(Exploratory Data Analysis,EDA)?
實際上,這是一系列的方法,它的目的就是讓你最大化對數(shù)據(jù)的直覺,為了讓你對數(shù)據(jù)有感覺,你不僅需要知道數(shù)據(jù)里有什么,你還需要知道數(shù)據(jù)里沒有什么,而完成這件事情的方法只有一個,那就是結(jié)合各種統(tǒng)計學(xué)的圖形把數(shù)據(jù)以各種形式展現(xiàn)在我們面前。它可以完成這些事情:

  • 讓你最大程度得到數(shù)據(jù)的直覺
  • 發(fā)掘潛在的結(jié)構(gòu)
  • 提取重要的變量
  • 刪除異常值
  • 檢驗潛在的假設(shè)
  • 建立初步的模型
  • 決定最優(yōu)因子的設(shè)置
  • 舉一個例子:

    X1Y1X2Y2X3Y3X4Y4
    108.04109.14107.4686.58
    86.9588.1486.7785.76
    137.58138.741312.7487.71
    98.8198.7797.1188.84
    118.33119.26117.8188.47
    149.96148.1148.8487.04
    67.2466.1366.0885.25
    44.2643.145.391912.5
    1210.84129.13128.1585.56
    74.8277.2676.4287.91
    55.6854.7455.7386.89

    有這么一些數(shù)據(jù),如果你通過一些描述性的指標(biāo)來表示這些數(shù)據(jù),你或許可以得到這些:

    對于X1 Y1這兩列數(shù)據(jù)

    N = 11
    Mean of X = 9.0
    Mean of Y = 7.5
    Intercept = 3
    Slope = 0.5
    Standard deviation of residuals = 1.126
    Correlation = 81.7%

    對于X2 Y2這兩列數(shù)據(jù)

    N = 11
    Mean of X = 9.0
    Mean of Y = 7.5
    Intercept = 3
    Slope = 0.5
    Standard deviation of residuals = 1.126
    Correlation = 81.7%

    對于X3 Y3這兩列數(shù)據(jù)

    N = 11
    Mean of X = 9.0
    Mean of Y = 7.5
    Intercept = 3
    Slope = 0.5
    Standard deviation of residuals = 1.126
    Correlation = 81.7%

    X4 Y4跟他們都是一模一樣的,但是如果你把他們畫出來你會發(fā)現(xiàn)他們完全不一樣。


    我們從圖中可以非常容易看出

  • 數(shù)據(jù)集1 是明顯的線性關(guān)系
  • 數(shù)據(jù)集2 是明顯的二次關(guān)系
  • 數(shù)據(jù)集3 明顯存在異常值
  • 數(shù)據(jù)集4 顯然是糟糕的實驗設(shè)計造成的。有一個點(diǎn)飛去了遠(yuǎn)方
  • EDA技術(shù)

    在這一節(jié)將要介紹當(dāng)你拿到一些數(shù)據(jù)時,去探索它所用到的一些技術(shù),以及分析的方法。這些技術(shù)可以劃分為兩類,一是基于圖像的,二是基于定量方法的。

    探索性數(shù)據(jù)分析常用的一些常見問題:

  • 數(shù)據(jù)的典型值是多少(均值,中位數(shù)等)?

  • 典型值的不確定性是什么?

  • 一組數(shù)據(jù)的良好分布擬合是什么?

  • 數(shù)據(jù)的分位數(shù)是多少?

  • 一個工程上的修改是否有作用?

  • 一個因子是否有影響?

  • 最重要的因素是什么?

  • 來自不同實驗室的測量結(jié)果是否相等?

  • 將響應(yīng)變量與一組因子變量相關(guān)聯(lián)的最佳函數(shù)是什么?

  • 什么是最好的因子設(shè)置?

  • 我們可以將時間相關(guān)數(shù)據(jù)中的信號與噪聲分離嗎?

  • 我們可以從多變量數(shù)據(jù)中提取任何結(jié)構(gòu)嗎?
  • 數(shù)據(jù)是否有離群值?
  • 第一步,你需要根據(jù)你的任務(wù)來決定EDA需要回答以上哪些問題,哪些問題對你來說是最重要的。當(dāng)你決定好需要回答哪些問題時,就可以選擇合適的EDA技術(shù)去回答你的問題。

    接來下我會逐一介紹各個數(shù)據(jù)探索的技術(shù)

    下面部分用到的數(shù)據(jù)在這里:https://raw.githubusercontent.com/358463121/markdown_notebook/master/eda/data.txt,直接復(fù)制到R中運(yùn)行即可

    1.自相關(guān)圖

    這是一種常見的檢驗數(shù)據(jù)集隨機(jī)性的技術(shù)。它通過計算不同時滯下的自相關(guān)系數(shù)來刻畫。

    圖中的Y軸是自相關(guān)系數(shù):

    取值在-1到1之間

    橫坐標(biāo)是:時滯(time lag) h(h=1,2,3,…)

    從形式上看自協(xié)方差則是序列的樣本方差。自相關(guān)圖刻畫了不同時滯下時間序列的自相關(guān)性。所以自相關(guān)圖還常常用來對AR模型進(jìn)行定階。

    比如說有這么一個時間序列AR(2):


    那么它的1階,2階的自相關(guān)系數(shù)應(yīng)該很大,然后階數(shù)越大,自相關(guān)系數(shù)逐漸減少。

    自相關(guān)圖可以回答以下幾個問題:

  • 數(shù)據(jù)是否是隨機(jī)的?
  • 一些觀測值會不會與它附近的觀測值相關(guān)?
  • 該時間序列是不是白噪聲?
  • 是不是正弦波?
  • 是不是自回歸的?
  • 適合它的時間序列模型是什么?
  • 模型是不是這種形式?
  • 我們對比幾張自相關(guān)圖看看:

    隨機(jī)序列:

    弱自相關(guān)(系數(shù)的取值很小):

    強(qiáng)自相關(guān):

    正弦波:

    2.雙柱狀圖(Bihistogram)

    這是一種與兩樣本t檢驗相對應(yīng)的技術(shù),當(dāng)你還在糾結(jié)于均值,尺度,偏度,異常值,峭度等等數(shù)字背后直觀感覺時,其實簡單的把數(shù)據(jù)的直方圖就很明顯了。

    它除了比較兩個變量的分布之外,還可以有另外的用法。比如說,我們可以畫出不同性別,男女這兩個水平下的身高的分布,從而比較性別是否會對身高有顯著的影響。

    可以用R語言來畫該圖

    library(Hmisc) histbackback(split(y,batch),ylab="Strength of Ceramic",brks=seq(300,900,by=25))

    3.塊圖(Block Plot)

    這是一個對應(yīng)于方差分析(ANOVA)的EDA技術(shù)。它可以給予我們方差分析所沒有的直觀感受。它可以直觀地判斷一個因子是否有用。

    • 縱坐標(biāo):變量Y的值(平均失敗每小時)
    • 橫坐標(biāo):所有次要因子的水平的組合(在這里是plant speed shift這3個因子共有種組合)
    • 圖中的1,2表示主要因子(weld method)取1和取2時對Y的不同影響。

    從圖中我們可以看到,顯然不管次要因子的取值如何,weld method取2時,大部分時間都比取1更有效。從而證明了,我們這個weld method因子是一個非常泛化和穩(wěn)定的特征。我們也可以從圖中看到次要因子的哪一個組合是最有效的。

    畫圖代碼:

    library(dplyr) avg<-df%>%group_by(lab,batch)%>%summarise(x=mean(y))## Generate the block plot. boxplot(avg$x ~ avg$lab, medlty="blank",ylab="Ceramic Strength",xlab="Laboratory",main="Batch Means for Each Laboratory") ## Add labels for the batch means. text(avg$lab[avg$batch==1], avg$x[avg$batch==1],labels=avg$batch[avg$batch==1], pos=1) text(avg$lab[avg$batch==2], avg$x[avg$batch==2],labels=avg$batch[avg$batch==2], pos=3)

    4.Bootstrap Plot

    • 縱坐標(biāo):有放回抽樣的樣本計算出來的統(tǒng)計量
    • 橫坐標(biāo):抽樣的次數(shù)

    Bootstrap Plot就是簡單地把每次抽樣,從而計算得到的統(tǒng)計量畫出來


    這圖是500次隨機(jī)抽樣,計算均值的Bootstrap圖,可以看到均值集中在650左右,同時也可以計算出均值所在的90%置信區(qū)間是[644.7045,655.5157]

    要注意的是bootstrap 并不適用于所有的分布和統(tǒng)計量。 例如,由于均勻分布的形狀,bootstrap 不適于估計嚴(yán)重依賴于尾部的統(tǒng)計的分布,例如取值范圍。

    library(boot) ## Bootstrap and CI for mean. d is a vector of integer indexes set.seed(0) samplemean <- function(x, d) {return(mean(x[d])) } b1 = boot(y, samplemean, R=500) z1 = boot.ci(b1, conf=0.9, type="basic") meanci = paste("90% CI: ", "(", round(z1$basic[4],4), ", ", round(z1$basic[5],4), ")", sep="" ) ## Generate bootstrap plot. par(mfrow=c(1,2)) plot(b1$t,type="l",ylab="Mean",main=meanci) hist(b1$t,main="Bootstrap Mean",xlab="Mean")

    5.Box-Cox Linearity Plot

    box-cox變換:


    它可以用來消除偏斜和其他分布特征,使得能夠?qū)?shù)據(jù)向正態(tài)分布靠攏。這樣做的目的是因為大部分模型或檢驗都需要對變量的分布做正態(tài)性假設(shè),如果變量不滿足正態(tài)分布,那么就有可能導(dǎo)致模型不準(zhǔn)確,那么做一個box-cox變換或許是一個不錯的選擇。

    這一個圖可以回答這兩個問題

  • box-cox變換是否對擬合效果有提升?
  • box-cox變換最合適的參數(shù)是什么?
  • 當(dāng)然,對于boxcox的參數(shù)使得數(shù)據(jù)變換后的正態(tài)性最強(qiáng)來進(jìn)行選擇。

    以下是通過對Y回歸,然后計算不同的取值越好(這是因為線性模型是假設(shè)噪聲服從正態(tài)分布的)

    library(MASS) boxcox(Volume ~ log(Height) + log(Girth), data = trees,lambda = seq(-0.25, 0.25, length = 10))

    6.箱線圖

    這個大家都很熟,我也不多說。簡單地說,箱線圖刻畫了一個變量的1/4分位數(shù) 3/4分位數(shù),中位數(shù),還有異常值。

    箱線圖同樣可以用來判斷一個因子的影響是否顯著,通過將不同水平的箱線圖畫出來,看看是否會對目標(biāo)變量Y的分布有影響。

    7.Complex Demodulation Amplitude Plot

    一個常用的時間序列分析模型就是一個正弦模型:

    無關(guān)的。

    而這個圖,則是用來確定這個振幅是不是一個常用的。即模型可以寫成這樣:


    我們通過把不同時間下的振幅計算出來,就可以得到我們的Complex Demodulation Amplitude Plot:

    • 振幅穩(wěn)定在390附近
    • 振幅有一個啟動的過程
    • 左右振幅有一個較大的波動,可以考慮在那附近出現(xiàn)了異常,需要仔細(xì)排查。

    還有一個畫移相的圖

    8.等高線圖(Contour Plot)

    當(dāng)你有3個變量時,你可以使用等高線圖來觀測x,y的取值對z變量的影響。當(dāng)然,你可以選擇畫三維圖。

    #等高線圖一個簡單的例子 x <- -6:16 contour(outer(x, x), method = "edge", vfont = c("sans serif", "plain"))

    DOE Contour Plot

    這是一種專門用于全因子設(shè)計和部分因子設(shè)計的等高線圖。通常這些設(shè)計用”-1”或”-“表示低水平,用”+1”或”+”表示高水平。也有可能出現(xiàn)中水平,則用”0”表示。

    看不懂 下一個。。

    9.DOE Scatter Plot

    DOE散點(diǎn)圖是用于分析試驗數(shù)據(jù)的方法。它畫出了每個因子對應(yīng)的每個水平對因變量Y的影響。如果每個水平有重復(fù)值,那么就可以用這個方法,將不同水平對應(yīng)的Y取值畫到圖上。同樣,你也可以畫出不同水平下的均值或標(biāo)準(zhǔn)差,然后用直線連接,那么這就是 DOE mean plot和DOE standard deviation plot。

    在這個圖中,有7個因子,里面中間的水平線表示所有數(shù)據(jù)的均值。從這個圖里面我們可以看到:

  • 這里沒有異常值
  • 因子2,4顯然不同水平間有顯著的差異
  • 因子1則顯示出了比例誤差(scale differences)
  • 同理,如果我們畫出每個水平對應(yīng)Y的均值就可以得到DOE Mean Plot


    從這個圖可以看出因子的重要程度為:4>2>1>7>6>3,5

    它可以用來判斷因子的重要程度,以及重要程度的排名。

    畫出不同因子水平的標(biāo)準(zhǔn)差就可以得到DOE Standard Deviation Plot

  • 因子1的標(biāo)準(zhǔn)差有著很大的差異
  • 因子4的標(biāo)準(zhǔn)差都比較小
  • 對于所有的因子,它的第一個水平的標(biāo)準(zhǔn)差總是比第二個水平低
  • 10.Lag plot

    lag plot可以用來檢查數(shù)據(jù)或時間序列是不是隨機(jī)序列。如果是隨機(jī)的,那么在lag plot中是看不出任何結(jié)構(gòu)的。

    這個圖就是簡單地以作為縱軸。

    從上面這個圖可以看出有著顯著的線性關(guān)系。這一個數(shù)據(jù)顯然是非負(fù)的,而且也可以看出這個時間序列或許是滿足自回歸模型的。

    當(dāng)然,同樣可以使用滯后2期,3期來畫這個圖,不過一般都設(shè)lag=1.

    我們多看幾個例子:

    隨機(jī)數(shù)據(jù):

    適中程度的自回歸:

    強(qiáng)烈的自回歸:

    數(shù)據(jù)服從正弦模型以及存在離群值:

    data=cumsum(runif(100,-5,5)) lag.plot(data)

    11.線性相關(guān)圖(Linear Correlation Plot)

    線性相關(guān)圖常用于評估各組之間對目標(biāo)變量Y的相關(guān)性是否一致。除了考慮相關(guān)性是否一致,你也可以考慮斜率(Linear Slope Plot)或截距(Linear Intercept Plot)與目標(biāo)變量Y是否一致。

    舉個例子,你可以將一個一年的數(shù)據(jù)分為12個月,你希望知道每個月的客流量對你商品銷量的影響是否一樣。那你就可以畫線性相關(guān)圖來檢驗?zāi)愕募僭O(shè)。

    當(dāng)然,有時候你的數(shù)據(jù)可能沒有分組,那么如果你有的數(shù)據(jù)來自不同的數(shù)據(jù)源,也可以把數(shù)據(jù)源作為分組。

    從這個圖可以看到每個組的相關(guān)性都是差不多的。

    如果我們把相關(guān)系數(shù)變成截距可以得到:

    可以看到截距是有所差異的,不過這些差異其實很小。

    再看看斜率的:

    所有的分組的斜率都在0.174的附近,偏差0.002,差異也很小,這可能意味著我們只需用其實一個分組進(jìn)行擬合就足夠了。

    你還可以畫出不同分組擬合后殘差的標(biāo)準(zhǔn)差:

    其中實線部分是使用全部數(shù)據(jù)的誤差的標(biāo)準(zhǔn)差,這個值一般都會比分組數(shù)據(jù)的大。

    12.均值圖(Mean Plot)

    均值圖一般用來比較數(shù)據(jù)中不同分組之間均值的差異。這個分組是由分析師決定的。比如說,我們可以用一個月作為一組,這樣一年就可以分成12組。所以這個均值圖就是將每個分組的均值畫出來就可以了。當(dāng)然,你也可以將均值替換成中位數(shù),眾數(shù),切尾平均數(shù),縮尾均值等統(tǒng)計量。

    這個圖可以回答以下問題:

  • 分組間的均值是否有變動?
  • 分組間的均值差異多大?
  • 均值的變動是否有一些獨(dú)有的模式在里面?
  • 13.Q-Q圖(Quantile-Quantile Plot )與P-P圖(probability–probability plot)

    P-P圖是數(shù)據(jù)的經(jīng)驗累積分布函數(shù)與特定的累積分布函數(shù)F(·)間的比較。 而Q-Q圖則是數(shù)據(jù)分位數(shù)與某個理論分布分位數(shù)間的比較。 P-P圖和Q-Q圖的構(gòu)造和解釋主要有三個不同點(diǎn):

    • Q-Q圖的構(gòu)造不需要指定F(·)的位置或尺度參數(shù)。理論分位數(shù)可以從一個指定的理論分布中直接計算。若點(diǎn)在圖上的排列呈線性,而且位置和尺度參數(shù)可以直觀地對應(yīng)于該直線的截距和斜率。相比之下,P-P圖的構(gòu)造需要F(·)的位置和尺度參數(shù)來評估有序數(shù)據(jù)的cdf。

    • Q-Q圖上點(diǎn)是否呈線性趨勢并不受分布的位置或尺度參數(shù)變化的影響。而在P-P圖上,位置或尺度的變化不一定能保持線性。

    • 在Q-Q圖上,表示特定理論分布的參考線取決于該分布的位置和尺度參數(shù),其截距和斜率對應(yīng)于位置和尺度參數(shù)。在P-P圖上,任何分布的參考線總是對角線y = x。

    因此,如果您的目標(biāo)是將數(shù)據(jù)分布與僅在位置和規(guī)模上變化的分布族進(jìn)行比較,特別是如果要從圖中估計位置和比例參數(shù),則應(yīng)使用Q-Q圖。

    P-P圖的優(yōu)點(diǎn)是它們在高概率密度的區(qū)域是可區(qū)分的,因為在這些區(qū)域中,經(jīng)驗和理論累積分布比在低概率密度區(qū)域變化得快的多。例如,如果將數(shù)據(jù)分布與特定的正態(tài)分布進(jìn)行比較,兩個分布間的差異在P-P圖上要比在Q-Q圖更明顯。

    這是一個QQ圖,從這個圖里面可以看出:

    • 這兩個batch的數(shù)據(jù)(橫縱坐標(biāo))顯然不是來自同一個分布的
    • batch1的數(shù)據(jù)明細(xì)的大于batch2的數(shù)據(jù)
    • 數(shù)據(jù)在525到625間差異較大,而再之后則差異沒那么大。

    QQ圖的組成:

    • 橫坐標(biāo):數(shù)據(jù)集1的分位數(shù)
    • 縱坐標(biāo):數(shù)據(jù)集2的分位數(shù)

    QQ圖可以告訴我們:

    • 兩個數(shù)據(jù)是否來自同一分布,你也可以檢驗數(shù)據(jù)是否來自某個特定分布,比如說正態(tài)分布,這時你只需要計算正態(tài)分布的理論分位數(shù)就可以了,下面同理。
    • 兩個數(shù)據(jù)是否有相同的位置與尺度
    • 兩個數(shù)據(jù)是否有相似的分布形狀
    • 兩個數(shù)據(jù)的分布的尾部是否有相似的地方

    14.散點(diǎn)圖

    這或許是最為常用的方法之一了,我估計大家都很熟。。我就簡單過一下

    這是隨機(jī)數(shù)據(jù)的散點(diǎn)圖形狀:

    線性相關(guān)的數(shù)據(jù):

    二次曲線的數(shù)據(jù):

    指數(shù)關(guān)系的數(shù)據(jù):

    正弦數(shù)據(jù):

    與X獨(dú)立的同方差擾動:

    與X不獨(dú)立的異方差性(隨著X增大噪聲的方差也增大):

    關(guān)于異方差,這個可以通過加權(quán)最小二乘法,boxcox變換,對數(shù)變換等方法來解決。

    15.Spectral Plot

    通過傅里葉變換,將數(shù)據(jù)從時域變換到頻域

    看上面這幅動圖,里面最后藍(lán)色的線就是我們的Spectral Plot

    如果模型是這個形式的:

    從這幅圖可以看出其主要頻率是0.3

    這個圖可以回答一下問題:

  • 有多少個周期成分在里面?
  • 是否有一個重要的頻率?
  • 這是重要的,影響最大的頻率是多少?
  • 關(guān)于傅里葉變換已經(jīng)有很多出色的資料,我不多說了,比如說這個,傅里葉分析之掐死教程(完整版)

    16.Weibull Plot

    威布爾分布(Weibull distribution),又稱韋伯分布或韋布爾分布,是可靠性分析和壽命檢驗的理論基礎(chǔ)。它在可靠性工程中被廣泛應(yīng)用,尤其適用于機(jī)電類產(chǎn)品的磨損累計失效的分布形式。由于它可以利用概率值很容易地推斷出它的分布參數(shù),被廣泛應(yīng)用于各種壽命試驗的數(shù)據(jù)處理。

    它的條件概率密度如下:

    其中是尺度(scale)參數(shù)。

    對于這個分布的解釋我們可以這樣理解,

    • 失敗概率隨著時間增加而增加。這一情況通常會出現(xiàn)在壽命等問題上。

    若數(shù)據(jù)服從Weibull分布,那么數(shù)據(jù)就會有如此的關(guān)系:

    我們把ln(x)作為x軸,作為Y軸就可以得到以下這個圖:

    該圖顯示在該63.2%點(diǎn)處的水平線和水平線與最小二乘擬合線相交的垂直線。該垂直線示出尺度參數(shù)的值。

    這個Weibull圖顯示:

  • 威布爾分布的假設(shè)是合理的;
  • 尺度參數(shù)估計為33.32;
  • 形狀參數(shù)估計為5.28;
  • 沒有異常值。
  • 注意,x軸(“0”,“1”和“2”)上的值是指數(shù)。 這些實際上表示值100 = 1,101 = 10和102 = 100。(100表示10的0次方)

    威布爾圖由以下形成:

    • y軸:威布爾累積概率表示為百分比
    • x軸:有序故障次數(shù)(在LOG10刻度中)

    垂直刻度是ln(-ln(1-p)),其中p =(i-0.3)/(n + 0.4),i是觀察的秩。 選擇該尺度以便線性化Weibull數(shù)據(jù)的所得圖。

    17.Youden Plot

    Youden圖是用于分析interlab數(shù)據(jù)的圖形技術(shù),適用于每個實驗在同一產(chǎn)品上進(jìn)行兩次評估或在兩個不同產(chǎn)品上運(yùn)行一次評估時。

    Youden圖是用于比較實驗室內(nèi)變異性和實驗室間變異性的簡單但有效的方法。


    此圖顯示:

  • 并不是所有的實驗室都是等效的。
  • 實驗室4偏差低。
  • 實驗室3具有實驗室內(nèi)變異性問題。
  • 實驗室5有一個異常值。
  • Youden圖形由以下形成:

  • 橫坐標(biāo):響應(yīng)變量1 (i.e., run 1 or product 1 response value)
  • 縱坐標(biāo):響應(yīng)變量2(i.e., run 2 or product 2 response value)
  • 此外,圖符號是lab id(通常是從1到k的整數(shù),其中k是實驗室的數(shù)量),有時會繪制45度的基準(zhǔn)線,理想情況下,產(chǎn)生兩次相同產(chǎn)物的實驗室應(yīng)該按理產(chǎn)生相似的結(jié)果。離開此參考線表示與實驗室不一致。如果兩個不同的產(chǎn)品在測試,45度線則可能不合適。然而,如果實驗室是一致的,點(diǎn)應(yīng)該靠近一些擬合的直線。

    Youden圖本質(zhì)上是一個散點(diǎn)圖,因此在支持散點(diǎn)圖的任何通用統(tǒng)計程序中為Youden圖寫一個宏應(yīng)該是可行的。

    18.t-sne

    我覺得在這里有必要提一下t-sne這個技術(shù)。想象一下你有一個包含數(shù)百個特征(變量)的數(shù)據(jù)集,對數(shù)據(jù)所屬的域幾乎沒有什么了解。 您需要識別數(shù)據(jù)中的隱藏模式,探索和分析數(shù)據(jù)集。

    這是否讓你不舒服? 它讓我的手汗水,當(dāng)我第一次遇到這種情況。 你想知道如何探索一個多維數(shù)據(jù)集嗎? 這是許多數(shù)據(jù)科學(xué)家經(jīng)常問的問題之一。 而t-sne可以做到這一點(diǎn)。目前有很多t-sne介紹的文章,比如:從SNE到t-SNE再到LargeVis

    和Comprehensive Guide on t-SNE algorithm with implementation in R & Python。

    簡單地說它是一種非線性降維的算法。通過將數(shù)據(jù)降到2維或3維,然后就可以用一個散點(diǎn)圖或3d圖來表示我們這些高維的數(shù)據(jù),而且它的效果也非常的好。另外降維后的結(jié)果也可以作為一個額外特征加入到其他任務(wù)中。

    這個算法的核心思想就是,高維數(shù)據(jù)下數(shù)據(jù)間的距離,與映射到低維后數(shù)據(jù)間的距離應(yīng)該是非常相似的。通過優(yōu)化這個目標(biāo)就可以得到非常好的效果。它與SNE不同的地方就是將低維空間下數(shù)據(jù)間的距離用t分布來表示,這就可以使得高維中距離較近的點(diǎn)在低維更近,高維中距離較遠(yuǎn)的點(diǎn)在低維更遠(yuǎn)。具體原因可以看這里從SNE到t-SNE再到LargeVis

    我們來試試這個算法,先下載一份minist數(shù)據(jù):https://pan.baidu.com/s/1bpiT3Vh

    這是一份手寫字體圖片的數(shù)據(jù),每個樣本是一個圖片,每個圖片的大小是28*28,展開后就一共有784個取值為0-254的像素特征。這里一共有10000個樣本。數(shù)據(jù)的第一列是標(biāo)簽。

    我們在R運(yùn)行下面代碼可以得到這樣的圖:


    可以看到基本上相同數(shù)字的變量都聚集在一起了,它的區(qū)分效果也是很棒的。不過綠色跟粉色的區(qū)分度就比較低。

    #t-sne------ ## calling the installed package train<- read.csv(file.choose()) ## Choose the train.csv file downloaded from the link above set.seed(0) library(Rtsne) Labels<-train$label train$label<-as.factor(train$label)## Executing the algorithm on curated data tsne <- Rtsne(train[,-1], dims = 2, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500)## Plotting library(ggplot2) df=data.frame(tsne$Y,label=train$label) ggplot(df,aes(x=X1,y=X2,color=label))+geom_point()

    它在tensorflow中同樣也有相應(yīng)的實現(xiàn),具體可以看:谷歌開源Embedding Projector,可將高維數(shù)據(jù)可視化

    用tensorflow做出來的效果也是很驚艷的

    參考資料

    http://www.itl.nist.gov/div898/handbook/index.htm

    http://onlinestatbook.com/2/transformations/box-cox.html

    這是用Dataplot畫圖的代碼

    Comparison of P-P Plots and Q-Q Plots

    傅里葉分析之掐死教程(完整版)

    Weibull distribution

    從SNE到t-SNE再到LargeVis

    Comprehensive Guide on t-SNE algorithm with implementation in R & Python

    word2vec 中的數(shù)學(xué)原理詳解

    Laurens V D M, Hinton G. Visualizing Data using t-SNE[J]. Journal of Machine Learning Research, 2008, 9(2605):2579-2605.

    作為分享主義者(sharism),本人所有互聯(lián)網(wǎng)發(fā)布的圖文均遵從CC版權(quán),轉(zhuǎn)載請保留作者信息并注明作者a358463121專欄:http://blog.csdn.net/a358463121,如果涉及源代碼請注明GitHub地址:https://github.com/358463121/。商業(yè)使用請聯(lián)系作者。

    總結(jié)

    以上是生活随笔為你收集整理的探索性数据分析的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

    如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯,歡迎將生活随笔推薦給好友。

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