這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會(huì)給大家?guī)碛嘘P(guān)如何理解基因組組裝軟件spades，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

spades這款de novo基因組組裝軟件， 適用于細(xì)菌/真菌等小型基因組的組裝，不推薦用于動(dòng)植物基因組的組裝。該軟件主要用于illumina，IonTorrent reads的組裝，也可以進(jìn)行PacBio, Oxford nanopore, Sanger reads的組裝。

官網(wǎng)如下

http://cab.spbu.ru/software/spades/

spades是一套軟件，類似office辦公軟件系列，包含了以下5個(gè)可執(zhí)行文件

1. metaSPAdes

2. plasmidSPAdes

3. rnaSPAdes

4. truSPAdes

5. disSPAdes

metaSPAdes用于宏基因組數(shù)據(jù)的組裝，plasmidSPAdes用于組裝葉綠體/線粒體基因組，rnaSPAdes用于RNA-seq數(shù)據(jù)的組裝，truSPAdes用于treseq barcode序列的組裝，disSPAdes用于組裝高雜合度的二倍體基因組。

軟件的安裝過程如下

wgethttp://cab.spbu.ru/files/release3.12.0/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz
tarxzvfSPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz
cdSPAdes-3.12.0-Linux

直接從官網(wǎng)下載二進(jìn)制包，解壓縮就可以了。在bin目錄下，有很多的可執(zhí)行文件

./
├──dipspades.py
├──metaspades.py->spades.py
├──plasmidspades.py->spades.py
├──rnaspades.py->spades.py
├──spades-bwa
├──spades-core
├──spades-corrector-core
├──spades-dipspades-core
├──spades-gbuilder
├──spades-gmapper
├──spades-hammer
├──spades_init.py
├──spades_init.pyc
├──spades-ionhammer
├──spades-kmercount
├──spades.py
├──spades-truseq-scfcorrection
└──truspades.py

其中spades.py 就是主要的提交腳本，該軟件支持多種測(cè)序類型

1. 單端數(shù)據(jù)
   用--s1參數(shù)指定單獨(dú)測(cè)序的序列文件，如果有多個(gè)文庫，用數(shù)字后綴加以區(qū)分，比如--s1,--s2

2. 雙端數(shù)據(jù)
   用--pe1-1和--pe1-2分別指定雙端測(cè)序的R1端和R2端序列文件，多個(gè)文庫用數(shù)字后綴區(qū)分，比如--pe2-1, --pe2-2

基本用法如下：

spades.py-k21,33,55,77,99,127--careful--pe1-1R1.fastq--pe-2R2.fastq-ospades_output

輸出結(jié)果目錄會(huì)生成許多文件，其中scaffolds.fasta對(duì)應(yīng)scaffold的結(jié)果，contig.fasta對(duì)應(yīng)contig組裝的結(jié)果。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的如何理解基因组组装软件spades的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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