docker安装gamit_科学网—Ubuntu系统GAMIT/GLOBK程序安装 - 陈超的博文
最近開始學習GAMIT,網上資料還是蠻多的,但是感覺都是東拼西湊的,一點都不系統,一點不適合初學者。安裝教程也是亂七八糟的,下面把我的安裝過程分享一下:(我也是參考的網上一個教程,很久以前下載的,地址忘了,對原作者表示深深感謝)
GAMIT/GLOBK程序安裝
GAMIT/GLOBK安裝方法
進入 Ubuntu 系統并確認已連接互聯網后,按以下步驟操作。
1、安裝依賴環境
首先打開終端(類似于Win 下的 cmd,快捷鍵是 Ctrl+Alt+T),輸入sudo -s
會提示你輸入賬戶密碼,輸入正確之后就會獲取系統的 root 權限了(類似于 Win 下的管理員賬戶權限)。接下來就要安裝一些支持 GAMIT 的軟件包,只需依次輸入以下代碼,根據網絡環境耐心等待即可。apt-get install gcc
apt-get install gfortran
apt-get install csh
apt-get install tcsh
apt-get install libx11-dev
2、GAMIT軟件源的準備
現在以安裝 GAMIT10.5為例,將軟件源碼放在/home/gamit10.5文件夾。現在需要將gamit10.5整個文件夾移動到/opt 目錄下,在終端中輸入以下命令:mv ~/gamit10.5/opt
如果提示權限不夠,那么還是按照之前的方法,輸入sudo -s來獲取權限再試一遍。然后用進入存放源碼的文件夾:cd /opt/gamit10.5
將install_software文件修改權限為可執行chmod +x install_software
3、配置shell
首先看下當前是什么類型的shell,一般情況下Ubuntu默認的都是bash,雖然gamit是用csh寫的,但是經過測試,既可以在csh中安裝,也可以在bash中安裝。輸入:
echo $SHELL
/bin/bash
上面結果可以看出,此時終端font默認bash,若想在csh中安裝,則需要改變當前的shell;下面介紹一下臨時改變shell的簡單方法,若是由bash改變為csh,只需要在終端輸入csh即可,同理變回來只需輸入bash。臨時的改變shell只對當前的終端是有效的,但這對于gamit的安裝已經足夠了。
如果想更改登入時的默認shell,操作如下:在終端輸入chsh,按提示輸入密碼(如果是在root身份就不需要密碼)。然后輸入shell的路徑,以下操作是從bash改變為csh:chsh
密碼:
正在更改chaoshu的shell
請輸入新值,或者直接敲回車鍵已使用默認值
登錄shell [/bin/bash]:/bin/csh
上面步驟完成以后,我們輸入echo $SHELL,再查看一下,發現shell仍然是bash,注意了,這里是改變登錄時的默認shell,因此若想讓以上改變生效,只需要注銷下,重新登錄下就可以啦。
4、開始安裝 GAMIT/GLOBK
終端在/opt/gamit10.5目錄下執行下面命令:./install_software
GAMIT 的安裝就會自動開始了。在遇到第一次詢問時,直接輸入Y到下一步。遇到第二次詢問時,會向你確認X11的路徑是否配置正確。這個時候,不要關閉終端,使用快捷鍵Ctrl+Alt+T開啟另一個終端,進入libraries目錄:cd /opt/gamit10.5/libraries
sudo gedit Makefile.config
然后就會彈出一個該文件的編輯框,gamit10.5需要修改的地方主要有三個,gamit10.6可能需要需要修改四個地方;
第一,修改X11的路徑所在,根據安裝系統版本不同,各位顯示的路徑也不一定相同,下圖是筆者文檔中顯示的內容。需要做的是將文檔中 X11 的路徑修改為:
如何查找路徑?可以在終端內輸入搜索本機路徑:cd /home #或者cd ~
find / -name "libX11*"
結果如下:
find / -name "Xlib.h"
第二,修改gamit的內部參數,實際上就是寫代碼時聲明的常量。分別是MAXSIT(最大測站數)、MAXSAT(最大衛星顆數)、MAXATM(最大的天頂延遲)、MAXEPC(最大歷元數); 在這里,將MAXATM改為25即可(默認為13),MAXEPC 改為 5760。其實,在這里不改也是可以的,以后我們用到的時候再改也不遲,這些常量的定義分別位于/gamit/include/dimpar.h和makex.h頭文件中,稍微懂一點fortran語言的話,修改完了重新編譯即可。
第三,修改 Linux 操作系統版本號。找到“forLinux from 0.0.1 to 3.0.0”,如下圖所示位置:
修改下面的一行,OS_IDLinux 0001 3000,記住只修改最后的那四個數字為用戶自己的計算機版本號就好了。操作如下:
按Ctrl+Alt+T打開終端,輸入uname-a 查看當前操作系統的版本號;
如上圖所示:操作系統的版本號是:3.0.0-12;但是在gamit中,只記錄下操作系統版本號前4位,因此在這種情況下的版本號應記為:3001;
保存上面的所有修改。如果是gamit10.5版本,完成上面三個修改即可。不需要進行第四步修改。直接進入安裝;如果是gamit10.6的版本,那么還需要檢查第四個修改的地方。
第四,如果你的電腦是32位的,那么就要將該文件中的全部m64改為m32,另外/opt/gamit10.6/gamit/solve/Makefile.generic該文件中的所有m64也要改為m32。
至此,配置文檔里需要手動修改的地方全部修改完畢,保存退出即可。這時候,再回到之前停留在第二次詢問的終端窗口中,遇到詢問后一路輸入 Y 繼續安裝。不出意外的話,最后就會提示 GLOBK 已經安裝成功,并提醒使用者配置路徑。
5、配置gamit環境變量
gamit路徑的配置也是分為兩種(bash和csh),如果是用csh安裝gamit的,則配置路徑如下:需要在主文件夾下新建一個空白文檔,并重命名為.cshrc。注意這是一個隱藏文件,因此在這之前,應該按Ctrl+H ,顯示所有的隱藏文件。然后雙擊打開新建的.cshrc文件,復制一下內容到該文件中:
set gg = ‘/opt/gamit10.5’
setenv PATH“$gg/com:$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$PATH”
setenv HELP_DIR “$gg/help/”
setenv INSTITUTE ‘MIT’
然后保存下。回到終端(進入主目錄下面),輸入source ~/.cshrc,對該配置文件進行下加載。那么這個路徑就生效了。若想驗證下有沒有配置成功,只需要在終端下輸入 echo $PATH,看看有沒有gamit的路徑,若有的話就成功了。
以上為csh的路徑配置,下面介紹下bash的路徑配置,若采用默認的bash安裝gamit 的,則只需要在終端輸入sudo gedit ~/.bashrc,彈出一個文件編輯框,只需要在文件的最后添加以下代碼即可:
gg=‘/opt/gamit10.5’
PATH=“$gg/com:$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$PATH” && export PATH
HELP_DIR=“$gg/help/” && exportHELP_DIR
INSTITUTE=‘MIT’ && export INSTITUTE
保存退出回到終端(進入主目錄下面),輸入source ~/.cshrc,對該配置文件進行下加載。
檢查是否安裝成功:
cd ~
gedit .cshrc
#在打開的文件中輸入如下內容,注意引號需要英文模式下(命令之間都是有空格的)
set gg = ‘/opt/gamit10.5’
setenv PATH ?“$gg/com:$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$PATH”
setenv HELP_DIR “$gg/help/”
setenv INSTITUTE ‘MIT’
#保存文件以后
csh
source .cshrc
doy
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