發現rdkit同一個分子不同操作得來的mol都原子排序是不同的

解決：以inchi為標準

參考

rdkit.Chem.inchi.MolToInchiAndAuxInfo(mol, options=’’, logLevel=None, treatWarningAsError=False) — rdkit文檔

auxInfo詳細解釋在inchi文檔

for i,atom in enumerate(mol_H_Rc.GetAtoms()):atom.SetAtomMapNum(i)mol_H_Rc inchi, aux_info = Chem.MolToInchiAndAuxInfo(mol_H_Rc) print(inchi) print( "---") print(aux_info.replace( "/" ," \n/ ")) for i in aux_info.split('/'):if i[0]=='N':print(i)pos=i[2:].split(',') mm_map = {int(j)-1:i for i,j in enumerate(pos)} print(mm_map)

感謝萬能的網友

總結

以上是生活随笔為你收集整理的rdkit获得原子的标准排序序号的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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