摘要:

由于微陣列芯片資料集擁有非常大量的基因數(shù)目，以分群的方法自動(dòng)發(fā)現(xiàn)生物模塊(biological modules)是微陣列芯片分析的一項(xiàng)重要主題，功能性分群(functional Clustering)藉由測(cè)量基因?qū)?yīng)的功能性批注(functional annotation)之間的共同發(fā)生的頻率(co-occurrences)來進(jìn)行分群，因此可以讓相關(guān)基因和批注達(dá)到一個(gè)容易剖析的數(shù)字，以利后續(xù)的假設(shè)建立和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，以下將對(duì)功能性分群進(jìn)行介紹。

背景:

微陣列芯片實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生差異基因的后續(xù)分析常采用過度表現(xiàn)分析方法(over-representation analysis)來偵測(cè)參與的生物模塊，生物模塊包含基因本體論(gene ontology)或反應(yīng)路徑(pathways)，常被使用的偵測(cè)方法有超幾何試驗(yàn)(hypergeometric test)等方法，由于一個(gè)生物模塊只代表一個(gè)生物專業(yè)術(shù)語(term) ，因此有時(shí)候會(huì)產(chǎn)生一個(gè)模塊內(nèi)有數(shù)百至數(shù)千個(gè)基因，增加分析困難度[1]。

事實(shí)上，基因和生物專業(yè)術(shù)語在真實(shí)的生物系統(tǒng)下是多對(duì)多(many-to many)的關(guān)系。功能性分群方法即是利用基因間功能性批注的重復(fù)程度來偵測(cè)生物模塊。也可以想象，如果專業(yè)術(shù)語間擁有許多共同的基因也可以并成一個(gè)模塊，例如細(xì)胞凋亡(apoptosis)、細(xì)胞死亡(cell death) 、死亡(death)和細(xì)胞死亡調(diào)控(Regulation of cell death)。

此方法除了可以把分析結(jié)果降至一個(gè)可管理的大小外，也有可視化的優(yōu)勢(shì)，可產(chǎn)生基因?qū)?gene-to-gene)、專業(yè)術(shù)語對(duì)專業(yè)術(shù)語(term-to-term)及基因?qū)I(yè)術(shù)語(gene-to-term)的關(guān)系圖。此篇文章將使用DAVID功能性分群工具來說明功能性分群于微陣列芯片之應(yīng)用

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的微阵列芯片服务器,功能性分群于微阵列芯片之应用的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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