Lnc2cancer 3.0,lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具使用指南
Lnc2Cancer?3.0是更新版本,該數(shù)據(jù)庫(kù)主要存儲(chǔ)包括實(shí)驗(yàn)支持的人類癌癥相關(guān)的長(zhǎng)非編碼RNA (lncRNAs)和環(huán)狀RNA (circRNAs)與相關(guān)數(shù)據(jù)。也包括通過(guò)高通量RNA測(cè)序技術(shù)(RNA-seq)和單細(xì)胞RNA-seq(scRNA-seq)分析lncRNA表達(dá)的工具。
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Lnc2Cancer 3.0更新了幾個(gè)新的特征:
(1)增加了腫瘤相關(guān)lncRNA數(shù)目,目前的版本包括9254個(gè)lncRNA-癌癥關(guān)聯(lián)條目,其中涉及2659個(gè)lncRNA和216個(gè)癌癥亞型;
(2)新增加了1049個(gè)實(shí)驗(yàn)支持的與癌癥相關(guān)的circRNAs,其中涉及743個(gè)circRNAs和70個(gè)癌癥亞型;
(3)提供實(shí)驗(yàn)支持的癌相關(guān)lncRNAs和circRNAs調(diào)控機(jī)制,涉及microRNAs、轉(zhuǎn)錄因子(TF)、遺傳變異、甲基化和增強(qiáng)子;
(4)補(bǔ)充了實(shí)驗(yàn)支持的癌癥相關(guān)lncRNAs和circRNAs的生物學(xué)功能,包括細(xì)胞生長(zhǎng)、凋亡、自噬、上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)、免疫和編碼能力。
(5)提供實(shí)驗(yàn)支持的癌癥相關(guān)lncRNAs和circRNAs在轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)、循環(huán)、耐藥性和預(yù)后方面的臨床相關(guān)性。
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此外,Lnc2Cancer 3.0還開發(fā)了兩個(gè)在線工具,包括RNA-seq和scRNA-seq web工具,以實(shí)現(xiàn)對(duì)癌癥中l(wèi)ncRNAs的快速、可定制的分析和可視化。Lnc2Cancer 3.0是一個(gè)對(duì)于闡明lncRNA、circRNA與癌癥之間的關(guān)系有價(jià)值的資源。
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總結(jié)
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