1. RTCGAToolbox庫加載

library(RTCGAToolbox)

2. 下載TCPA數(shù)據(jù)

2.1 下載代碼

# Get the last run dates lastRunDate <- getFirehoseRunningDates()[1]# get RPPA data and clinical data for LGG lgg.data <- getFirehoseData(dataset = "LGG",gistic2_Date = getFirehoseAnalyzeDates(1), runDate = lastRunDate,# 確認(rèn)要下載RPPA數(shù)據(jù)，默認(rèn)只下載clinical數(shù)據(jù)RPPAArray = TRUE)

2.2 出現(xiàn)問題

3.問題原因

windows系統(tǒng)中通常限定文件名最多包含 260 個(gè)字符。但實(shí)際的文件名必須少于這一數(shù)值，因?yàn)橥暾窂?#xff08;如 C:Program Filesfilename.txt）都包含在此字符數(shù)值中。這就是為什么有時(shí)候?qū)⑽募?fù)制到比當(dāng)前位置路徑長(zhǎng)的某個(gè)位置時(shí)會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤的原因。

本人默認(rèn)的R工作地址為"C:/Users/Administrator/Desktop/TCGA"，再加上解壓縮后的原本應(yīng)該的文件名 'C:/Users/Administrator/Desktop/TCGA/gdac.broadinstitute.org_ LGG.Merge_protein_exp__mda_rppa_core__mdanderson_org__Level_3__protein_normalization__data.Level_3.2016012800.0.0/LGG.protein_exp__mda_rppa_core__mdanderson_org__Level_3__protein_normalization__data.data.txt'已經(jīng)超出了文件名字符數(shù)。

4.解決方案

# 方案一：修改工作路徑到D盤 setwd（'D:/'） # 重新運(yùn)行腳本 lgg.data <- getFirehoseData(dataset = "LGG",gistic2_Date = getFirehoseAnalyzeDates(1), runDate = lastRunDate,# 確認(rèn)要下載RPPA數(shù)據(jù)，默認(rèn)只下載clinical數(shù)據(jù)RPPAArray = TRUE) # 獲取RPPA數(shù)據(jù)（默認(rèn)的getData方法好像不行，需要提供平臺(tái)信息） lgg.RPPA <- lgg.data@RPPAArray[[1]]@DataMatrix# 方案二：手動(dòng)將下載的LGG-RPPAArray.tar.gz的減壓縮 # LGG.protein_exp__mda_rppa_core__mdanderson_org__Level_3__protein_normalization__data.data.txt # 為tsv格式 lgg.RPPA <- read.csv("LGG.protein_exp__mda_rppa_core__mdanderson_org__Level_3__protein_normalization__data.data.txt"，sep = 't')

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的C++ 偏微分数值计算库_Windows下RTCGAToolbox库下载TCPA数据（RPPA）学习笔记的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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