每次分析自己的單細胞數據后，都讓我產生無限的遐想與yy，總感覺不對勁也說不上是哪里，于是總想找別人發表的單細胞數據分析一下，第一步是檢索，
檢索
檢索
。。。。
睡著了……

那么，就總結一下收錄有單細胞發表數據的數據庫吧，可以幫助大家減少看文獻的負擔哈！（如何快準狠地找到相關領域的經典文獻？）

單細胞數據庫匯總

1.?PanglaoDB

以上是該單細胞數據庫的界面，左邊有不同的檢索方式，右面是對該數據庫的大致介紹。該數據庫的物種雖然只有人和小鼠，Tissue的種類和數目卻有很多；我常用的是下載tissue數據，比如我現在要下載10X小鼠肺臟的rawdata文件，操作如下：

首先點擊sample：

分別對species，protocol進行選擇，然后找到Lung，點擊SRA序列號即可進入rawdata下載目錄：

2.?Single Cell Portal - Broad Institute

該網站最初是作為BRAIN（推進創新神經技術方面的腦研究）計劃的一部分而開發的，可以從https://github.com/broadinstitute/single_cell_portal/wiki獲得網站布局概覽，可以下載數據，也可以登錄上傳自己的數據共享。

可以直接在Search Studies中檢索**“lung”**:

登錄即可下載rawdata。

3.?Single Cell Expression Atlas - EMBL-EBI

該數據庫由歐洲分子生物學實驗室（EMBL）進行統計分析，是世界上最大的基因組學科學和技術專業知識集合之一。

如果要搜索mouse的lung data,點擊Browse experiments***，將Kingdom調成Animals***,在Search all columns中輸入“lung”**,可以看到有關lung的experiments。

點擊任意一個experiment,即可進行下載：

4.?Mouse Cell Atlas

這個數據庫應該是我們比較熟悉的，是浙江大學郭國驥團隊的小鼠單細胞數據庫，但個人感覺不如從他的文章**Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq.**直接下載數據。

data下載鏈接：https://figshare.com/articles/MCA_DGE_DATA/5435866 ：

5.?CancerSEA

我們發現里面的Functional states有好多，如果我們需要下載數據，可以點擊上面的Download，然后用Lung進行檢索，這樣可以進行數據的下載：

6.?Mouse Cell Atlas

SCPortalen收錄的信息包括了單細胞的圖片、數據和序列，在這個數據庫中可以通過細胞和數據集（dataset）進行搜索下載

點擊Datasets—→transcriptome data,數據下載

7.?scRNASeqDB

scRNASeqDB數據庫是由休斯頓德克薩斯大學健康科學中心的研究人員設計，幾乎包括所有目前可用的人類單細胞轉錄組數據集（n = 38），涵蓋有人類細胞系或細胞類型共計200種和13,440個樣本。

對Lung進行檢索，下載數據：

因為通過外部數據進行的數據重復能夠更好地驗證自己的觀點，因此應用外部數據進行自身數據的驗證可能是今后單細胞數據分析的一個重要趨勢。

一起試一試吧，哈哈哈哈！

總結

以上是生活随笔為你收集整理的七龙珠 |召唤一份单细胞数据库汇总的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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