無代碼繪制差異基因火山圖

Volcano plot | 別再問我這為什么是火山圖 一文解釋了火山圖如何解讀。不太難看懂，而一旦看懂了，圖也就知道怎么繪制了。

假設我們已經有了一個差異基因鑒定后的表格文件 590e7b6b-c279-40da-b1d2-1017464cea02.untrt.vs.trt.results.txt (看到這一串無規律的符號做文件名就知道這是我們平臺輸出的差異分析結果了，之前介紹過可以翻一翻)，那怎么繪制火山圖呢？

上傳文件

首先注冊個賬戶。這里不是強制大家注冊，只是火山圖文件一般比較大，直接粘貼進文本框會導致瀏覽器卡頓，為了更好的用戶體驗，建議注冊個賬戶，在個人中心上傳 (支持斷點續傳，大文件也不怕)。如果想直接粘貼，也沒問題。

繪制火山圖

進入到火山圖繪制頁面http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27Nw%3D%3D%27。

Input way選擇Select uploaded file；

選擇上傳的文件，如果沒找到，則刷新下頁面再重復此操作。

選擇的文件會在文本域中顯示預覽（不可修改，但可以復制），點擊Check Data，核對數據格式沒有問題，會激活下方的必選選項。

選擇對應的列進行繪制，繪圖就是把數據的結構用幾何形狀表示出來，并用顏色、大小等代表特定的屬性展示。

從下拉框選擇log2FoldChange 指定為 Fold change column；

為什么選這一列，因為這個參數值跟參數名字太像了；

從下拉框選擇padj 指定為 Statistical significance column；

為什么選這一列，因為pval和padj都是統計顯著性的指示指標，為了解決總被審稿人提起的多重假設檢驗校正是什么？，我們選padj列；

padj列數值沒有進行過轉換，這里選擇Log10 transform significance value。

Padj越小轉換后的值越大，越在圖的上方;

Gene expression change status variable這是一個可選參數，是說文件中是否已經根據某個閾值做了差異基因標記，哪些上調了，哪些下調了，就是這里面的level列，我們選擇上；

如果之前沒做過篩選，沒有level列也沒關系，DE genes filtering threshold參數可以設置篩選閾值，默認為0.05,1，第一個數字0.05表示統計pvalue<0.05或padj<0.05 (取決于Statistical significance column的選擇)；第二個數字1表示變化倍數，變化倍數取完log2后的絕對值大于1。

點擊提交，出來一個結果; 顏色不對，需要調整下。

先設置下level變量的順序，然后按順序設置顏色

Status variable order依次選擇下拉內容為trt up, untrt UP, NoDiff;

Customized point colors用顏色選擇器選擇3個顏色

提交后獲得結果，正確了，可以下載PDF格式和相關的R代碼

上圖中的兩條垂直虛線和一條水平虛線是參數DE genes filtering threshold控制的，如果你篩選差異基因的標準(生成level列中哪些上調、哪些下調的標準)不是默認標志，則需要修改這個值為你設置的閾值，從而調整線的位置。

也可以設置參數Coordinate flip旋轉火山圖。

用的不多，但有用戶提過這個需求，就加上了。

另外一個常見需求是在火山圖上標記基因，現在的策略是要在數據表中加一列，不太方便，回頭更新一版新的處理方式再介紹。

如果你想了解哪個圖的繪制，請留言告訴我們，我們優先推出教程。

測試數據獲取：https://gitee.com/ct5869/bic

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的BIC无代码绘制差异基因火山图的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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