作為本科學(xué)生物，后來(lái)轉(zhuǎn)行生物信息的人，經(jīng)常會(huì)被人問(wèn)起，為啥學(xué)習(xí)生物信息了呢？這背后通常會(huì)帶著一些困惑，生物信息分析好不好學(xué)？

我讀書(shū)的時(shí)候，實(shí)驗(yàn)室純計(jì)算機(jī)出身的人員只占很小比例，更多的是大學(xué)期間學(xué)生物的；特別的，有個(gè)做的挺好的師兄，本科是商科出身。從這來(lái)看，像我這樣本科學(xué)生物轉(zhuǎn)行生物信息還不算是有跨度的。這也從一個(gè)側(cè)面說(shuō)明，專(zhuān)業(yè)背景不是能否學(xué)好生信的決定因素。

想想自己大學(xué)開(kāi)始自學(xué)生信的時(shí)候，可以說(shuō)是一頭霧水，只知道先學(xué)習(xí)編程，查了查資料，是要學(xué)習(xí) perl語(yǔ)言，但是不知道要在什么地方寫(xiě)，怎么去運(yùn)行。費(fèi)了些勁，在windows上安裝好perl，寫(xiě)個(gè)文本文件，改下后綴，發(fā)現(xiàn)文件的圖標(biāo)變成了perl的圖標(biāo)，雙擊就可以運(yùn)行了，不會(huì)寫(xiě)命令行參數(shù)，不會(huì)輸出重定向，一種傻呵呵的體驗(yàn)。

后來(lái)接觸了Linux系統(tǒng)，體驗(yàn)到在終端輸入命令的快意，才找到了編程的感覺(jué)。不過(guò)，深深印在腦海里的還是作為一個(gè)生信小白的時(shí)候，寫(xiě)一個(gè)程序不知道在哪寫(xiě)，在哪運(yùn)行。看過(guò)不少的教程都默認(rèn)學(xué)習(xí)者會(huì)打開(kāi)終端，會(huì)使用終端，會(huì)在終端運(yùn)行命令。而我卻是個(gè)例外，什么都不會(huì)。程序可以照著教程寫(xiě)下來(lái)，卻不知道怎么運(yùn)行。所以在我后來(lái)寫(xiě)python教程的時(shí)候，第一部分就是介紹程序在哪兒寫(xiě)，在哪兒運(yùn)行，怎么運(yùn)行。（最開(kāi)始學(xué)習(xí)perl，在研一時(shí)在QQ群一個(gè)同一大學(xué)學(xué)長(zhǎng)的忽悠下，嘗試了下python，那時(shí)有些編程基礎(chǔ)，寒假在家看了遍《python簡(jiǎn)明教程》就可以寫(xiě)了，以后也就習(xí)慣了這個(gè)語(yǔ)言）。

我個(gè)人是個(gè)理解能力比較差的，尤其是在接觸新的領(lǐng)域時(shí)，閱讀不少教程，總覺(jué)得這些教程都是給有些基礎(chǔ)的人寫(xiě)的，自己去學(xué)習(xí)時(shí)，需要多方嘗試，多多綜合，才能找到門(mén)路。為了方便自己學(xué)習(xí)，也為了記述學(xué)習(xí)過(guò)程，就開(kāi)始寫(xiě)博客去記錄，力爭(zhēng)從一個(gè)小白的視角、從最基礎(chǔ)的角度去寫(xiě)作，記述哪怕是最簡(jiǎn)單的一步操作，一個(gè)錯(cuò)誤，提供一個(gè)近乎人人可以直接上手的教程 （比如虛擬系統(tǒng)Docker的使用教程和任務(wù)流控制管理的Airflow教程，這些文章被轉(zhuǎn)載后，在同一平臺(tái)相比于同類(lèi)的教程閱讀量多出10倍，我想這正是因?yàn)楹?jiǎn)單、可操作，為初學(xué)者接觸這些工具提供了最大的便利）。

在初步知道程序語(yǔ)言怎么運(yùn)行并能成功運(yùn)行完示例后，就要系統(tǒng)地讀一本簡(jiǎn)明教程；簡(jiǎn)明的教程不多見(jiàn)，因?yàn)橐话愕慕坛潭己w的面比較廣，而我們初期只需要關(guān)注最基本的就好 （所以我提取了我個(gè)人認(rèn)為比較重要的基礎(chǔ)內(nèi)容，形成教程），可以找本經(jīng)典書(shū)，請(qǐng)身邊朋友劃下重點(diǎn)，先從頭到尾讀一遍，不管理解多少，然后再讀一遍。讀不下去，就抄寫(xiě)一遍。最好的自學(xué)方式就是守住一本教材，一遍一遍地去讀去熟悉，每看一遍都會(huì)有一些了解，從陌生到熟悉，慢慢就串起來(lái)了。然后就開(kāi)始自己去寫(xiě)代碼，代碼就是我們思想的體現(xiàn)；我在教人寫(xiě)代碼時(shí)，總會(huì)讓他先描述下如果沒(méi)有程序，我們自己是如何一步步的手動(dòng)處理這個(gè)問(wèn)題的，模擬的是程序運(yùn)行的過(guò)程。理清一遍思路之后，怎么想的就怎么寫(xiě)，只要你敢寫(xiě)，就成功了。

當(dāng)然這個(gè)時(shí)候一般會(huì)遇到初學(xué)者經(jīng)常犯的錯(cuò)誤，寫(xiě)完代碼，覺(jué)得自己寫(xiě)的很對(duì)，但運(yùn)行時(shí)卻總是提示錯(cuò)誤。絕大多數(shù)情況下，錯(cuò)誤是我們自己寫(xiě)作的錯(cuò)誤；起碼在最開(kāi)始時(shí)，要相信是自己的錯(cuò)誤，不是程序語(yǔ)言設(shè)計(jì)的錯(cuò)誤。錯(cuò)誤的種類(lèi)就這么幾種，比如引號(hào)未配對(duì)、縮進(jìn)不對(duì)、少了空格、文件名不對(duì)、變量名字不一致等。這時(shí)需仔細(xì)看屏幕提示的錯(cuò)誤信息，在提示的錯(cuò)誤行附近反復(fù)去查看。在之前的python教程和后續(xù)的文章中，都有或會(huì)提到經(jīng)常出現(xiàn)的錯(cuò)誤和解決辦法。

能讓程序提示的錯(cuò)誤都算不上大的錯(cuò)誤，而程序運(yùn)行成功，不等同于程序的邏輯是對(duì)的，獲得的結(jié)果是對(duì)的。程序是我們?cè)O(shè)計(jì)的，多數(shù)情況，我們對(duì)程序的輸出結(jié)果是可以預(yù)估和判斷的，不符合預(yù)期的結(jié)果是我們最應(yīng)該慎重對(duì)待的。

在能獨(dú)立寫(xiě)作程序后，一方面是學(xué)以致用，在解決問(wèn)題中逐步學(xué)習(xí)；這時(shí)谷歌是你最好的幫手，把你遇到的錯(cuò)誤或想解決的問(wèn)題的關(guān)鍵字提取出，一鍵搜索，可以幫你解決大部分問(wèn)題。另一方面，則是去學(xué)習(xí)別人的代碼、學(xué)習(xí)初學(xué)時(shí)跳過(guò)的內(nèi)容，利用社區(qū)中提供的優(yōu)秀的模塊或包來(lái)簡(jiǎn)化、加速自己的操作。入了門(mén)，就不需要像剛開(kāi)始時(shí)，什么操作都自己去寫(xiě)了，俗語(yǔ)叫“自己造輪子”；可以用很多經(jīng)驗(yàn)更豐富的開(kāi)發(fā)人員做好的輪子解決我們的問(wèn)題。

關(guān)于學(xué)習(xí)周期，如果能靜下心去學(xué)習(xí)的話(huà)，1個(gè)月的時(shí)間是足夠的。如果不時(shí)還能有人給你點(diǎn)播，2-3周就差不多了。關(guān)鍵的關(guān)鍵是去背、去抄，書(shū)讀百遍其義自見(jiàn)。

下面放上3篇帖子，Linux、Python和R各一個(gè)，應(yīng)該是可以鏈接到對(duì)應(yīng)的一系列教程。

免費(fèi)Linux系統(tǒng)和生信寶典原創(chuàng)學(xué)習(xí)教程

Python學(xué)習(xí) - 可視化變量賦值、循環(huán)、程序運(yùn)行過(guò)程

ggplot2高效實(shí)用指南 (可視化腳本、工具、套路、配色)

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本期的留言主題是：您在生物信息學(xué)習(xí)過(guò)程中有哪些體會(huì)呢？歡迎轉(zhuǎn)發(fā)朋友圈并留言評(píng)論。

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總結(jié)

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