metacoder 包學習

安裝和導入R包

#--選擇安裝cran或者github中的R包 # if(!require(metacoder))install.packages("metacoder") # if(!require(metacoder))devtools::install_github("grunwaldlab/metacoder")#--導入R包，開始學習 library(metacoder) #---構造自己的數據 library(ggClusterNet) library(tidyverse) library(phyloseq)

學習數據結構

metacoder包使用的數據是tibble格式的數據框，一個OTU表格，包含原始OTU的count，并未抽平。

data(ps) tax = ps %>%subset_taxa(Kingdom == "Bacteria") %>%filter_OTU_ps(100) %>%vegan_tax() %>%as.data.frame()otu = ps %>%subset_taxa(Kingdom == "Bacteria") %>%filter_OTU_ps(100) %>%vegan_otu() %>% t() %>%as.data.frame() head(otu) ## KO1 KO2 KO3 KO4 KO5 KO6 OE1 OE2 OE3 OE4 OE5 OE6 WT1 WT2 ## ASV_1 1113 1968 816 1372 1062 1087 1270 1637 1368 962 1247 1017 2345 2538 ## ASV_28 253 303 54 43

總結

以上是生活随笔為你收集整理的可视化应用实战案例：metacoder-相关进化树图的绘制的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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