寫在前面

桑基圖挺好看的，用于觀察不同門類之間的從屬關系，并且繪制很漂亮的結構圖，當然可以用于很多個地方。這里我們用微生物組數據的phyloseq對象，很快很方便的為大家構建一個桑基圖。所以如果你有phyloseq對象直接來試試吧。

實戰

導入需要R包

library(ggClusterNet) library(tidyverse) library(phyloseq) library(tidyverse) library(viridis) library(patchwork) library(networkD3) data(ps)

我們將微生物數據按照屬水平合并，然后取前五十個豐度最高的屬，然后去除Unassigned”) %>%  vegan_tax() %>%的微生物。注意這幾個函數存在于ggClusterNet中，注意下載安裝。

tax = ps %>% ggClusterNet::tax_glom_wt(ranks = 6) %>%filter_OTU_ps(50) %>%subset_taxa(Genus != "Unassigned") %>%vegan_tax() %>%as.data.frame() head(tax)

構建連接，一個源—-一個目標。標記一下不同分類等級的標簽。

id2 = c("k","p","c","o","f","g") dat = NULL for (i in 1:5) {dat <- tax[,c(i,i+1)] %>% distinct(.keep_all = TRUE) colnames(dat) = c("so 《新程序員》：云原生和全面數字化實踐50位技術專家共同創作，文字、視頻、音頻交互閱讀

總結

以上是生活随笔為你收集整理的可视化应用实战案例：绘制交互式+pdf+png等多格式桑基图的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。