Acellera軟件包括HTMD、ACEMD、AceCloud、Parameterize、AceFlow和ACEMD3模塊。

ACEMD簡介

ACEMD是一款功能強大的生物分子動力學模擬軟件包，該軟件對NVIDIA GPU作了專門的優化。在單工作站上，ACEMD已經達到現有分子動力學模擬引擎的效能上限，是已知最快的生物分子動力學模擬軟件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Martini力場計算。

HTMD簡介

HTMD是一個特別的分子可編程環境，用于準備、處理、模擬、可視化和分析分子系統HTMD基于Python，用戶能夠輕松地利用Jupyter Notebook在瀏覽器中運行IPython進行整個計算實驗，從操縱PDB，構建、執行、可視化和分析模擬。

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AceCloud簡介

AceCloud客戶端在Amazon AWS資源上運行ACEMD模擬。一旦配置了AWS訪問憑證，用戶就不需要直接與AWS控制臺交互，它會自動執行所有文件操作。

Parameterize

Parameterize 是一種簡單有效地獲得新分子力場參數的工具。

常用的AMBER和CHARMM力場包含生物分子（蛋白質，核苷酸，糖類，脂質等）的參數，但缺乏其他生物相關分子（輔因子，藥物等）的參數。

GAFF和CGenFF通過使用經驗規則和預先計算的數據集來推導任意有機分子的參數。但是，這些參數不能保證可轉移到所有可能的化學環境。

Parameterize通過使用QM數據改善參數的質量，即重新設定ESP電荷和可旋轉的二面角參數。它從根本上解決了可轉移性的問題。

ACEMD3

ACEMD3是基于ACEMD 2的重大改進，其新功能包括：CPU支持、改進的性能和簡化的輸入文件。

HTMD安裝

操作系統：CentOS-7-x86_64

硬 件：

安裝Anaconda

1.獲取Anaconda

一、官網https://www.anaconda.com/download/#linux

二、清華鏡像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

?

2.安裝

此后依照提示操作即可

3.配置環境變量生效

#Anaconda3

export PATH=/usr/anaconda3/bin:$PATH

source ~/.bashrc

4.驗證安裝

安裝HTMD

su root conda config --add channels acellera conda config --add channels psi4 conda install htmd

此后依照提示操作即可

注冊HTMD

htmd_register

運行HTMD

運行ACEMD

運行AceCloud

運行Parameterize

Parameterize主要用于處理小分子，兼容Charmm和AMBER力場，尤其小分子GAFF力場。

參考資料

https://software.acellera.com/academic-download.html

http://gainstrong.net/works/hudong/2016-01-28/83.html

https://software.acellera.com/docs/latest/acemd/index.html

https://software.acellera.com/docs/latest/acecloud/index.html

https://software.acellera.com/docs/latest/parameterize/index.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的分子动力学模拟软件_基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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