本來以為給參加 生信技能樹(爆款入門培訓課) 的學員們安排，指導做完了 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 準備工作，上課就問題不大。

實際情況是，每次都會發現一些很有意思的小問題，主要是計算機相關設置問題。

首先是R包下載很慢的問題

這個需要批評了，我在周末班準備工作里面寫的很清楚，切換鏡像，如下，可以下載任何包

rm(list?=?ls())?
options()$repos?
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos"?=?c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos?
options()$BioC_mirror

#?https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if?(!requireNamespace("BiocManager",?quietly?=?TRUE))
?install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask?=?F,update?=?F)

如果壓根就下載不了，可能是網絡的問題，或者是下載設置的問題，包括http和https的區別，下載協議的區別。

然后強調一下，新手請務必經常通過下面這樣點擊rproj文件方式來打開自己的電腦的Rstudio。

打開R腳本的中文亂碼問題

很多初學者友好型代碼里面都是有中文注釋的，所以大家拿到這樣的代碼然后使用自己的電腦的Rstudio打開就會不小心看到亂碼，當然是有解決方案的。

之所以有亂碼其實是因為Rstudio開發者及其公司都是歐美人，英文為主，對中文的友好度沒那么強，我一直在思考，會不會泰文和印度語那邊的學生使用Rstudio會更麻煩，有機會去泰國一定要去他們網吧試試看這個Rstudio好用不。

設置RStudio文本顯示的默認編碼

其實就是4個步驟：

• RStudio菜單欄的Tools -> Global Options

• 在配置界面選擇code下面的saving的 默認編碼格式

• 在彈出的編碼中，選擇UTF-8編碼。

• 點擊OK，然后再點擊OK，保存設置。

最后，在打開R代碼文件的時候，選擇File -> Reopen with encoding菜單，就可以選擇我們使用UTF-8編碼打開文件，這樣子就可以正確地顯示中文了。

R繪圖失敗

主要是因為不少人的Windows電腦用戶名是中文，所以使用Rstudio會出現奇奇怪怪的錯誤。深層次原因是Rstudio在運行的時候會創建一些臨時文件，這些臨時文件默認是放在你的C盤里用戶名下的一個文件夾里，由你電腦里面的TEMP這個環境變量指定。需要修改它, 比如修改為D盤。

首先查看環境變量，先點擊控制面板里面的高級系統設置

然后在高級里面尋找環境變量按鈕如下：修改后如下：

這樣問題就解決啦。

R下載包失敗

首先看看電腦是否聯網，然后看看R能否真的能夠下載數據，測試代碼download.file進行文件下載：

?download.file(url?=?"http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2019/02/heatmap.jpg",
??????????????destfile?=?"heatmap.jpg")

發現無法直接下載內容，證明R在連接網絡時出現了問題，需要修改R訪問網絡的方法為libcurl, 代碼如下：

options(download.file.method="libcurl")

GEOquery下載數據失敗

以前在菜鳥團寫過教程：GEOquery包的getGEO函數總是無法下載腫么辦 不再贅述。

GEOquery下載表達矩陣缺樣本名

以前在菜鳥團寫過教程：要讀源代碼才能解決的報錯-GEOquery下載表達矩陣缺樣本名 不再贅述。

最后一個小廣告

如果你覺得我推文信息量太大，而且有點簡略，我們也有視頻指導大家如何克服這些報錯， 發布在B站，鏈接直達：https://www.bilibili.com/video/av26077409 (請自行復制粘貼此鏈接去瀏覽器打開)

當然，如果你迫不及待想了解更多生信必修課之軟件安裝的課程，也可以直接購買學習，鏈接是：https://ke.qq.com/course/310838 (文末

總結

以上是生活随笔為你收集整理的rstudio 修改代码间距_Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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