為了驗證雜交的質量，Affymetrix公司加入了兩類嵌入探針組：

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一、poly-A內參：包括lys、phe、thr、dap

對應的探針組名稱為：AFFX-r2-Bs-lys-3_at、AFFX-r2-Bs-dap-3_at、

AFFX-r2-Bs-phe-3_at、AFFX-r2-Bs-thr-3_s_at

（注意：一般只取3’的表達值）

期望檢測到的信號強度為lys<phe<thr<dap

期望lys檢測值（Detection?Call）為P

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以樣品GSM362947_LTT.CEL和GSM362948_LTT.CEL為例：

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1）獲取lys、phe、thr、dap的信號強度

library(yaqcaffy)

rawData<-ReadAffy("GSM362947_LTT.CEL","GSM362948_LTT.CEL")

yaqcResult<-yaqc(rawData)

>?yaqcResult@morespikes[grep("(lys|phe|thr|dap).*3",rownames(yaqcResult@morespikes),?ignore.case?=?TRUE),]

?????GSM362947_LTT.CEL?GSM362948_LTT.CEL

dap3?????????621.85881?????????618.93019

thr3?????????157.46776?????????141.04182

lys3??????????26.22679??????????24.34060

phe3??????????80.33482??????????78.98733

???????????????

在這個例子中，兩個樣品的lys、phe、thr、dap信號強度都符合lys<phe<thr<dap

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2）arrayanalysis的問題

用R語言軟件arrayanalysis分析以上樣品得出的結論卻是：

這明顯不符合lys<phe<thr<dap，這是為什么？

我們先來看看yaqcResult@morespikes是什么：

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?????GSM362947_LTT.CEL?GSM362948_LTT.CEL

b5???????????102.92636?????????123.20557

b3????????????98.75225?????????106.84035

bm???????????113.12133?????????129.45077

c5???????????298.87382?????????322.52600

c3???????????361.89032?????????421.07440

d5??????????1289.20872????????1334.69642

d3??????????1489.85897????????1702.89382

dap5?????????303.57364?????????156.58720

dap3?????????621.85881?????????618.93019

dapm?????????414.50848?????????333.24881

thr5?????????108.41316??????????39.60845

thr3?????????157.46776?????????141.04182

thrm?????????129.56930??????????98.51053

lys5??????????23.28581??????????21.26793

lys3??????????26.22679??????????24.34060

lysm??????????30.29455??????????28.88963

phe5??????????31.29219??????????12.49173

phe3??????????80.33482??????????78.98733

phem??????????47.31779??????????32.76261

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在arrayanalysis的源碼functions_imagesQC.R中，先用正則表達提取出yaqcResult@morespikes中符合"(lys|phe|thr|dap).*3"條件的：

>?spnames<-rownames(yaqcResult@morespikes[grep("(lys|phe|thr|dap).*3",?#?only?3'?!

+?rownames(yaqcResult@morespikes),?ignore.case?=?TRUE),])

>?spnames

[1]?"dap3"?"thr3"?"lys3"?"phe3"

注意到spnames的順序是"dap3"?"thr3"?"lys3"?"phe3"而不是"lys3"?"phe3"?"thr3"?"dap3"

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然后把名稱為spnames的探針組也就是"dap3"?"thr3"?"lys3"?"phe3"的信號強度賦給sprep

>?sprep<-t(yaqcResult@morespikes[spnames,])

>?sprep

??????????????????????dap3?????thr3?????lys3?????phe3

GSM362947_LTT.CEL?621.8588?157.4678?26.22679?80.33482

GSM362948_LTT.CEL?618.9302?141.0418?24.34060?78.98733

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sprep的數據就直接用來作圖了，所以上圖的信號強度趨勢的順序應該是dap、thr、lys、phe，而不是預想的lys、phe、thr、dap

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（現在我所使用的arrayanalysis版本確實存在這個問題，但是也許以后會改進）

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3）獲取lys的檢測值：

calls<-detection.p.val(rawData)$call

lysCall<-calls[rownames(calls)[grep("AFFX-r2-Bs-lys-3_at",rownames(calls),?ignore.case?=?TRUE)],]

>?lysCall

GSM362947_LTT.CEL.present ?GSM362948_LTT.CEL.present?

??????????????????????"P"???????????????????????"P"?

結論：兩個樣品的lys的檢測值都為P

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二、雜交內參：包括BioB、BioC、BioD、CreX

對應的探針組名稱為：AFFX-r2-Ec-bioB-3_at、AFFX-r2-Ec-bioC-3_at、

AFFX-r2-Ec-bioD-3_at、AFFX-r2-P1-cre-3_at

（注意：一般只取3’的表達值）

期望檢測到的信號強度為BioB<BioC<BioD<CreX

期望BioB檢測值（Detection?Call）為P

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以樣品GSM286756.CEL為例：

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1）獲取BioB、BioC、BioD、CreX的信號強度

library(simpleaffy)

qcResult<-qc(rawData)

>?spikeInProbes(qcResult)

??????????????????AFFX-r2-Ec-bioB-3_at?AFFX-r2-Ec-bioC-3_at

GSM362947_LTT.CEL?????????????6.625742?????????????8.499409

GSM362948_LTT.CEL?????????????6.739313?????????????8.717931

??????????????????AFFX-r2-Ec-bioD-3_at?AFFX-r2-P1-cre-3_at

GSM362947_LTT.CEL?????????????10.54096????????????12.37574

GSM362948_LTT.CEL?????????????10.73377????????????12.48219

???????

在這個例子中，兩個樣品的BioB、BioC、BioD、CreX信號強度都符合BioB<BioC<BioD<CreX

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2）獲取BioB的檢測值：

>?show(yaqcResult)

??????????????????????????GSM362947_LTT.CEL???GSM362948_LTT.CEL?

……

AFFX-r2-Ec-bioB-3_at_call? "P"?????????????????"P"

……

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結論：兩個樣品的BioB檢測值都為P

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三、計算poly-A內參和雜交內參的信號強度表達值采用了JustMAS算法，芯片中必須含有MM探針。除此之外，芯片中還要包含AFFX-r2-Bs-lys-3_at、AFFX-r2-Bs-dap-3_at、AFFX-r2-Bs-phe-3_at、AFFX-r2-Bs-thr-3_s_at、AFFX-r2-Ec-bioB-3_at、AFFX-r2-Ec-bioC-3_at、AFFX-r2-Ec-bioD-3_at、AFFX-r2-P1-cre-3_at探針組。不過這些步驟都由yaqc和qc函數完成了，讀者不必過多關心JustMAS算法。yaqc和qc有一點不同，就是計算出信號強度表達值x后，yaqc會取2的x次方，qc則是2的x次方再取2的對數，也就是又變回x了。

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轉載于:https://www.cnblogs.com/xianwen/p/4522286.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的07、poly-A内参和杂交内参（arrayanalysis的问题）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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