计算机运算速度增长跟不上测序速度的提升怎么办?
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计算机运算速度增长跟不上测序速度的提升怎么办?
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還是從軟件、硬件合理搭配上尋求滿足處理速度要求的計算體系吧。摩爾定律由Gordon Moore提出的,其內容為:當價格不變時,集成電路上可容納的晶體管數目,約每隔18個月便會增加一倍,性能也將提升一倍。現在已經放緩到36個月翻一番。而基因測序速度在短短的五年內提升了500倍,相應的計算能力增長顯得相形見絀。在蘇州大學醫學部高性能計算平臺的建設上,浪潮以軟硬一體的高性能計算集群方案,很好地解決了這一問題,浪潮高性能計算平臺投入運行后,蘇州大學醫學部的測序數據處理量從原來的每天500GB提高到了4TB,從512核到1152核的運行效率提高了4倍。蘇州大學醫學部現階段主要運行MPI編程的GROMACS、NAMD、LAMMPS以及OpenMP編程類型的VASP、Gaussian等應用軟件。這兩種編程對通訊速率、內存帶寬的要求不同。根據這些軟件的特點,浪潮制定高性能天梭TS10000集群系統解決方案。整個系統的計算網絡采用業界主流的56Gbps全線速Infiniband網絡,并且采用了模塊化Infiniband交換機,相對于小交換機堆疊網絡可靠性高,易管理,且能夠節省1/2數量的線纜,從而充分滿足系統的高速通信需求。存儲系統采用浪潮TSExaStor并行文件系統存儲,該文件系統是浪潮自主研發的高帶寬、高IOPS的統一存儲系統。除此之外,浪潮自主開發的智能化、專用定制化的Cluster Engine高性能計算服務平臺,具有更多人性化功能,幫助用戶更快的構建系統、更好的應用系統、完善的管理系統,提升整體集群的使用效果,保證了用戶良好的應用。
總結
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