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为什么要给单个细胞测序?

發布時間:2023/11/22 万象百科 56 博士
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 为什么要给单个细胞测序? 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
單細胞RNAseq的意義:不同細胞的基因表達不同,研究不同細胞、組織乃至器官基因表達差異有助于我們加深對遺傳發育以及機體不同組織和細胞基因表達調控的規律,這點極其重要,已取得廣泛共識。單細胞DNAseq的意義:相比前者共識較少。但是首先我們要知道其實一個個體的所有細胞并不是擁有絕對相同的基因組:1. 極體的例子其他答案有提,我就不做贅述。2. 充分證據表明參與免疫的分泌抗體的B細胞基因組在分化中經過復雜的重排以保證產生足夠多樣化的抗體,所以對B細胞的單細胞基因組測序有助于我們了解機體如何調控和產生抗體。類似B細胞的基因組復雜重排也可能發生在其他組織,對其進行單細胞基因組測序有助于遺傳發育學研究。3. 有實驗證據表明,一些癌癥組織中各個癌細胞由于未知的原因發生了嚴重的染色體變異而且癌細胞之間變異方式完全不同,所以對癌細胞的單細胞基因組測序有助于我們了解一些癌癥發生的機制。4. 實驗證據表明,當機體受到外源DNA入侵如病毒和轉座子時,并不是所有細胞基因組同時受到影響,單細胞基因組測序有助于我們了解病毒的入侵機制和轉座子的工作方式以及功能。

如同樓上所說,單細胞的測序技術如果成熟,那么測序樣品就會從μg級降至單細胞水平,這對我們研究人員來說是非常方便的。只需要送出去細胞就好了,而不必像從前那樣,為了測序做那么多的準備工作。

之前的測序以及各種基因組計劃,使用的測序材料無一例外都是數百萬甚至更多細胞的混合DNA樣本。這種方法能夠得到全基因組序列信息,但是對其進行研究得到的結果只是一群細胞中信號的平均值,或者只代表其中占優勢數量的細胞信息,單個細胞獨有的特性被忽視。例如,科學家想找出哪種突變存在于哪種細胞中幾乎是不可能的,只存在于少數細胞(如早期癌細胞)中的突變也基本上被掩藏。另一方面,有些樣品稀少無法在實驗室培養,樣品量不足以進行全基因組分析,例如腫瘤循環細胞、組織微陣列、早期發育的胚胎細胞等。這些都是全基因組測序遇到的難題。作為“在單個細胞水平上對基因組進行測序”的單細胞測序技術能夠解決上述難題。與傳統的全基因組測序相比,單細胞測序不僅測量基因表達水平更加精確,而且還能檢測到微量的基因表達子或罕見非編碼RNA,其優勢是全方位和多層次的。單細胞全基因組測序技術是在單細胞水平對全基因組進行擴增與測序的一項新技術。其原理是將分離的單個細胞的微量全基因組DNA進行擴增,獲得高覆蓋率的完整的基因組之后通過外顯子捕獲進而高通量測序用于揭示細胞群體差異和細胞進化關系。MDA是目前公認的最好的單細胞基因組擴增技術,它能對全基因組進行高保真的均勻擴增,擴增出10~100kb大小的片段,能提供大量均一完整的全基因組序列。但是MDA也有一些缺點,特別是顯著的非特異擴增,往往空白對照樣品也總是“無中生有”地產生大量的DNA,另外就是仍然存在序列偏差。盡管各種改進的策略正在逐步減少這些缺陷,高覆蓋率、高保真性及高特異性的擴增仍然是亟待解決的問題。另外,對測序得到 的大量數據結果的專業分析也是一個重大的挑戰。 單細胞全基因組測序正在從基礎研究走向臨床應用。

事實上,我們身體內的所有細胞都有不同程度的基因獨特性,因為有絲分裂不是百分之百精確的,雖然有多種修復機制修補錯配,總是有些突變積累下來,所以會導致細胞之間,特別是腫瘤細胞之間有很強的異質性,為每個單細胞測序是無法代表整個腫瘤群體的,采用單細胞測序技術正好可以檢測這種差異,單細胞測序技術能準確定量一個單細胞核中基因拷貝數目,單細胞測序本身被nature method雜志評為13年的年度技術。單細胞技術把生物學研究的層次升華到了更高的層次,在這項技術出現之前,我們通常把單個人的基因組作為單位,建立人群中的lineage tree,現在有了單細胞測序結果,就可以建立cell lineage tree,比如我們現在學癌癥基因組的,就可以用它來闡明特定癌癥的發生機制,從而可能尋找治療的靶點,這樣明顯比從一大塊癌癥組織樣本得來的“平均值”測序結果要好的多。最常見的單細胞測序的應用是在腫瘤研究上,來自美國和英國的研究人員近日還利用單細胞基因組擴增、測序和裝配,從海洋樣本中鑒定出一個單細胞細菌,同時,該方法還可以解決單細胞微量初始模板進行基因組擴增時過大的擴增偏倚問題,使基因組測序的模板需求量從μg級降至單細胞水平。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的为什么要给单个细胞测序?的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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