什么是双链DNA微阵列芯片技术?
生活随笔
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什么是双链DNA微阵列芯片技术?
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dsDNA微陣列芯片也稱蛋白結合微陣列芯片,最早報道于1999年,當時美國Harvard大學Bulyk實驗室在Affymetrix公司原位合成的單鏈DNA微陣列芯片的基礎上,采用引物退火再進行DNA聚合酶延伸的辦法制備dsDNA微陣列芯片。該類芯片在玻片表面固定成千上萬的雙鏈DNA探針分子(如含有10堿基隨機組合序列的410個探針),每個探針分子上都含有一個待考察的與某一轉錄因子蛋白可能結合的DNA位點;將一種轉錄因子蛋白與這樣的dsDNA微陣列芯片反應,就可以在一次實驗中獲得該轉錄因子蛋白與大量DNA位點的結合信息,包括結合的特異性及相對親和性。目前,隨機組合序列(k-mer)高密度dsDNA微陣列芯片已經成功地用于繪制轉錄因子的體外DNA結合譜[75~77],使得轉錄因子及其他DNA結合分子的體外DNA結合譜研究取得了巨大的進展。截止2009年,Bulyk實驗室已經運用PBM技術成功繪制了104個小鼠轉錄因子蛋白的精細DNA結合譜,這對認識大量轉錄因子的DNA結合特異性、親和性等生物學特征發揮了重要作用。這些研究還表明PBM技術可高通量鑒定轉錄因子蛋白的順式調控元件和繪制轉錄調控網絡。
總結
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