目前,有哪些技术可以很精确地检测出基因组异常呢?
生活随笔
收集整理的這篇文章主要介紹了
目前,有哪些技术可以很精确地检测出基因组异常呢?
小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
推薦一種方法:確定基因組是否存在異常的方法及系統(tǒng)本發(fā)明提供了用于確定基因組是否存在異常的方法及系統(tǒng)。確定基因組是否存在異常的方法包括以下步驟:從孕婦樣本中分離胎兒有核紅細(xì)胞;對所述有核紅細(xì)胞基因組的至少一部分進行測序,以便獲得測序結(jié)果;以及基于所述測序結(jié)果,確定所述有核紅細(xì)胞基因組是否存在異常。 公開號 WO2013086744 A1 專利申請?zhí)? PCT/CN2011/084165
可以關(guān)注一下這篇論文http://bioinformatics.oxfordjo ... tract在該論文中,李驁研究組提出一種基于全局參數(shù)化隱Markov模型的新穎生物信息學(xué)算法,通過期望最大化(Expectation maximization)方法對模型進行訓(xùn)練和參數(shù)估計,從而有效解決了利用新一代測序技術(shù)檢測復(fù)雜腫瘤全基因組異常的國際性難題。
目前,用于檢測基因組異常的方法還是比較多的,我列了如下幾種方式供參考:一、應(yīng)用熒光原位雜交技術(shù)檢測慢性淋巴細(xì)胞白血病的基因組異常 該文探討應(yīng)用組合熒光原位雜交(panel fluorescence in situ hybridization,panel FISH)技術(shù)對慢性淋巴細(xì)胞白血?。╟hronic lymphocytic leukaemia,CLL)基因組異常檢測的價值。方法分別應(yīng)用序列探針D13S25(13q14.3)、RBl、053、ATM(11q23)和著絲粒探針12號(CSP12)等5種熒光素標(biāo)記的DNA探針,對17例CLL患者進行FISH檢測,并和常規(guī)細(xì)胞遺傳學(xué)檢測結(jié)果進行比較。結(jié)果17例CLL患者中,常規(guī)細(xì)胞遺傳學(xué)檢測出1例(1/17)有染色體異常,為49,XX,+3,+8,+18;組合FISH檢測出10例(10/17)有染色體異常,包括D13S25缺失4例、ATM缺失2例、p53缺失1例、D13S25合并RB1同時缺失2例、多種異常1例。FISH檢測的總檢出率高于常規(guī)細(xì)胞遺傳學(xué)檢測。結(jié)論組合FISH技術(shù)是檢測CLL患者染色體基因組異常的有效手段,與常規(guī)細(xì)胞遺傳學(xué)方法相結(jié)合則可明顯提高CLL染色體異常的檢出率。 二、CLImAT: accurate detection of copy number alteration and loss of heterozygosity in impure and aneuploid tumor samples using whole-genome sequencing data 該文開發(fā)出了CLImAT:利用全基因測序數(shù)據(jù)準(zhǔn)確檢測不純及非整倍性腫瘤樣本中的拷貝數(shù)變異和雜合性缺失”,從而以信息學(xué)方法解決了復(fù)雜腫瘤全基因組異常的檢測難題。傳統(tǒng)的基因組異常檢測方法存在通量低、分辨率差等問題。近年來,新一代測序技術(shù)問世并迅速發(fā)展,不僅在通量和分辨率方面擁有獨特優(yōu)勢,還大大降低了測序成本,對人類醫(yī)學(xué)的發(fā)展具有革命性意義,已成為癌癥基因組異常研究中最流行的實驗手段。然而,由于腫瘤本身的復(fù)雜性,新一代測序數(shù)據(jù)中存在正常細(xì)胞摻雜和污染、腫瘤基因組非整倍體性等棘手問題,就像一段摻雜著大量噪聲干擾的錄音文件,很難將有用的聲音信息提取出來。李驁研究組長期從事腫瘤基因組異常檢測和分析研究,通過近一年半的努力,成功找到破解腫瘤樣本分析中“噪聲干擾”這一關(guān)鍵問題的理論方法,即提出一種基于統(tǒng)計學(xué)模型的新穎生物信息學(xué)算法,從而有效解決了從新一代測序數(shù)據(jù)中準(zhǔn)確檢測腫瘤全基因組異常這一國際性難題。審稿人對該論文的創(chuàng)新性給予高度評價,認(rèn)為該算法具有令人關(guān)注的特性并為解決上述問題提供了極佳的方法。李驁表示,研究組正進行更深入的腫瘤基因組異常研究,計劃未來將上述研究成果用于腫瘤臨床診斷和治療。三、可以通過標(biāo)記DNA分子然后進行DNA雜交用與正?;虻腄NA進行標(biāo)記,然后與待測基因雜交,如果出現(xiàn)基因異常則堿基互補配對肯定不完全,不會出現(xiàn)完整的雙鏈螺旋
可以關(guān)注一下這篇論文http://bioinformatics.oxfordjo ... tract在該論文中,李驁研究組提出一種基于全局參數(shù)化隱Markov模型的新穎生物信息學(xué)算法,通過期望最大化(Expectation maximization)方法對模型進行訓(xùn)練和參數(shù)估計,從而有效解決了利用新一代測序技術(shù)檢測復(fù)雜腫瘤全基因組異常的國際性難題。
目前,用于檢測基因組異常的方法還是比較多的,我列了如下幾種方式供參考:一、應(yīng)用熒光原位雜交技術(shù)檢測慢性淋巴細(xì)胞白血病的基因組異常 該文探討應(yīng)用組合熒光原位雜交(panel fluorescence in situ hybridization,panel FISH)技術(shù)對慢性淋巴細(xì)胞白血?。╟hronic lymphocytic leukaemia,CLL)基因組異常檢測的價值。方法分別應(yīng)用序列探針D13S25(13q14.3)、RBl、053、ATM(11q23)和著絲粒探針12號(CSP12)等5種熒光素標(biāo)記的DNA探針,對17例CLL患者進行FISH檢測,并和常規(guī)細(xì)胞遺傳學(xué)檢測結(jié)果進行比較。結(jié)果17例CLL患者中,常規(guī)細(xì)胞遺傳學(xué)檢測出1例(1/17)有染色體異常,為49,XX,+3,+8,+18;組合FISH檢測出10例(10/17)有染色體異常,包括D13S25缺失4例、ATM缺失2例、p53缺失1例、D13S25合并RB1同時缺失2例、多種異常1例。FISH檢測的總檢出率高于常規(guī)細(xì)胞遺傳學(xué)檢測。結(jié)論組合FISH技術(shù)是檢測CLL患者染色體基因組異常的有效手段,與常規(guī)細(xì)胞遺傳學(xué)方法相結(jié)合則可明顯提高CLL染色體異常的檢出率。 二、CLImAT: accurate detection of copy number alteration and loss of heterozygosity in impure and aneuploid tumor samples using whole-genome sequencing data 該文開發(fā)出了CLImAT:利用全基因測序數(shù)據(jù)準(zhǔn)確檢測不純及非整倍性腫瘤樣本中的拷貝數(shù)變異和雜合性缺失”,從而以信息學(xué)方法解決了復(fù)雜腫瘤全基因組異常的檢測難題。傳統(tǒng)的基因組異常檢測方法存在通量低、分辨率差等問題。近年來,新一代測序技術(shù)問世并迅速發(fā)展,不僅在通量和分辨率方面擁有獨特優(yōu)勢,還大大降低了測序成本,對人類醫(yī)學(xué)的發(fā)展具有革命性意義,已成為癌癥基因組異常研究中最流行的實驗手段。然而,由于腫瘤本身的復(fù)雜性,新一代測序數(shù)據(jù)中存在正常細(xì)胞摻雜和污染、腫瘤基因組非整倍體性等棘手問題,就像一段摻雜著大量噪聲干擾的錄音文件,很難將有用的聲音信息提取出來。李驁研究組長期從事腫瘤基因組異常檢測和分析研究,通過近一年半的努力,成功找到破解腫瘤樣本分析中“噪聲干擾”這一關(guān)鍵問題的理論方法,即提出一種基于統(tǒng)計學(xué)模型的新穎生物信息學(xué)算法,從而有效解決了從新一代測序數(shù)據(jù)中準(zhǔn)確檢測腫瘤全基因組異常這一國際性難題。審稿人對該論文的創(chuàng)新性給予高度評價,認(rèn)為該算法具有令人關(guān)注的特性并為解決上述問題提供了極佳的方法。李驁表示,研究組正進行更深入的腫瘤基因組異常研究,計劃未來將上述研究成果用于腫瘤臨床診斷和治療。三、可以通過標(biāo)記DNA分子然后進行DNA雜交用與正?;虻腄NA進行標(biāo)記,然后與待測基因雜交,如果出現(xiàn)基因異常則堿基互補配對肯定不完全,不會出現(xiàn)完整的雙鏈螺旋
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的目前,有哪些技术可以很精确地检测出基因组异常呢?的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇: 如何评价荷兰科学家制造的“最贵汉堡”?
- 下一篇: 龙门石窟需要爬山吗