目前,有哪些技术可以很精确地检测出基因组异常呢?
生活随笔
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目前,有哪些技术可以很精确地检测出基因组异常呢?
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
推薦一種方法:確定基因組是否存在異常的方法及系統本發明提供了用于確定基因組是否存在異常的方法及系統。確定基因組是否存在異常的方法包括以下步驟:從孕婦樣本中分離胎兒有核紅細胞;對所述有核紅細胞基因組的至少一部分進行測序,以便獲得測序結果;以及基于所述測序結果,確定所述有核紅細胞基因組是否存在異常。 公開號 WO2013086744 A1 專利申請號 PCT/CN2011/084165
可以關注一下這篇論文http://bioinformatics.oxfordjo ... tract在該論文中,李驁研究組提出一種基于全局參數化隱Markov模型的新穎生物信息學算法,通過期望最大化(Expectation maximization)方法對模型進行訓練和參數估計,從而有效解決了利用新一代測序技術檢測復雜腫瘤全基因組異常的國際性難題。
目前,用于檢測基因組異常的方法還是比較多的,我列了如下幾種方式供參考:一、應用熒光原位雜交技術檢測慢性淋巴細胞白血病的基因組異常 該文探討應用組合熒光原位雜交(panel fluorescence in situ hybridization,panel FISH)技術對慢性淋巴細胞白血病(chronic lymphocytic leukaemia,CLL)基因組異常檢測的價值。方法分別應用序列探針D13S25(13q14.3)、RBl、053、ATM(11q23)和著絲粒探針12號(CSP12)等5種熒光素標記的DNA探針,對17例CLL患者進行FISH檢測,并和常規細胞遺傳學檢測結果進行比較。結果17例CLL患者中,常規細胞遺傳學檢測出1例(1/17)有染色體異常,為49,XX,+3,+8,+18;組合FISH檢測出10例(10/17)有染色體異常,包括D13S25缺失4例、ATM缺失2例、p53缺失1例、D13S25合并RB1同時缺失2例、多種異常1例。FISH檢測的總檢出率高于常規細胞遺傳學檢測。結論組合FISH技術是檢測CLL患者染色體基因組異常的有效手段,與常規細胞遺傳學方法相結合則可明顯提高CLL染色體異常的檢出率。 二、CLImAT: accurate detection of copy number alteration and loss of heterozygosity in impure and aneuploid tumor samples using whole-genome sequencing data 該文開發出了CLImAT:利用全基因測序數據準確檢測不純及非整倍性腫瘤樣本中的拷貝數變異和雜合性缺失”,從而以信息學方法解決了復雜腫瘤全基因組異常的檢測難題。傳統的基因組異常檢測方法存在通量低、分辨率差等問題。近年來,新一代測序技術問世并迅速發展,不僅在通量和分辨率方面擁有獨特優勢,還大大降低了測序成本,對人類醫學的發展具有革命性意義,已成為癌癥基因組異常研究中最流行的實驗手段。然而,由于腫瘤本身的復雜性,新一代測序數據中存在正常細胞摻雜和污染、腫瘤基因組非整倍體性等棘手問題,就像一段摻雜著大量噪聲干擾的錄音文件,很難將有用的聲音信息提取出來。李驁研究組長期從事腫瘤基因組異常檢測和分析研究,通過近一年半的努力,成功找到破解腫瘤樣本分析中“噪聲干擾”這一關鍵問題的理論方法,即提出一種基于統計學模型的新穎生物信息學算法,從而有效解決了從新一代測序數據中準確檢測腫瘤全基因組異常這一國際性難題。審稿人對該論文的創新性給予高度評價,認為該算法具有令人關注的特性并為解決上述問題提供了極佳的方法。李驁表示,研究組正進行更深入的腫瘤基因組異常研究,計劃未來將上述研究成果用于腫瘤臨床診斷和治療。三、可以通過標記DNA分子然后進行DNA雜交用與正常基因的DNA進行標記,然后與待測基因雜交,如果出現基因異常則堿基互補配對肯定不完全,不會出現完整的雙鏈螺旋
可以關注一下這篇論文http://bioinformatics.oxfordjo ... tract在該論文中,李驁研究組提出一種基于全局參數化隱Markov模型的新穎生物信息學算法,通過期望最大化(Expectation maximization)方法對模型進行訓練和參數估計,從而有效解決了利用新一代測序技術檢測復雜腫瘤全基因組異常的國際性難題。
目前,用于檢測基因組異常的方法還是比較多的,我列了如下幾種方式供參考:一、應用熒光原位雜交技術檢測慢性淋巴細胞白血病的基因組異常 該文探討應用組合熒光原位雜交(panel fluorescence in situ hybridization,panel FISH)技術對慢性淋巴細胞白血病(chronic lymphocytic leukaemia,CLL)基因組異常檢測的價值。方法分別應用序列探針D13S25(13q14.3)、RBl、053、ATM(11q23)和著絲粒探針12號(CSP12)等5種熒光素標記的DNA探針,對17例CLL患者進行FISH檢測,并和常規細胞遺傳學檢測結果進行比較。結果17例CLL患者中,常規細胞遺傳學檢測出1例(1/17)有染色體異常,為49,XX,+3,+8,+18;組合FISH檢測出10例(10/17)有染色體異常,包括D13S25缺失4例、ATM缺失2例、p53缺失1例、D13S25合并RB1同時缺失2例、多種異常1例。FISH檢測的總檢出率高于常規細胞遺傳學檢測。結論組合FISH技術是檢測CLL患者染色體基因組異常的有效手段,與常規細胞遺傳學方法相結合則可明顯提高CLL染色體異常的檢出率。 二、CLImAT: accurate detection of copy number alteration and loss of heterozygosity in impure and aneuploid tumor samples using whole-genome sequencing data 該文開發出了CLImAT:利用全基因測序數據準確檢測不純及非整倍性腫瘤樣本中的拷貝數變異和雜合性缺失”,從而以信息學方法解決了復雜腫瘤全基因組異常的檢測難題。傳統的基因組異常檢測方法存在通量低、分辨率差等問題。近年來,新一代測序技術問世并迅速發展,不僅在通量和分辨率方面擁有獨特優勢,還大大降低了測序成本,對人類醫學的發展具有革命性意義,已成為癌癥基因組異常研究中最流行的實驗手段。然而,由于腫瘤本身的復雜性,新一代測序數據中存在正常細胞摻雜和污染、腫瘤基因組非整倍體性等棘手問題,就像一段摻雜著大量噪聲干擾的錄音文件,很難將有用的聲音信息提取出來。李驁研究組長期從事腫瘤基因組異常檢測和分析研究,通過近一年半的努力,成功找到破解腫瘤樣本分析中“噪聲干擾”這一關鍵問題的理論方法,即提出一種基于統計學模型的新穎生物信息學算法,從而有效解決了從新一代測序數據中準確檢測腫瘤全基因組異常這一國際性難題。審稿人對該論文的創新性給予高度評價,認為該算法具有令人關注的特性并為解決上述問題提供了極佳的方法。李驁表示,研究組正進行更深入的腫瘤基因組異常研究,計劃未來將上述研究成果用于腫瘤臨床診斷和治療。三、可以通過標記DNA分子然后進行DNA雜交用與正常基因的DNA進行標記,然后與待測基因雜交,如果出現基因異常則堿基互補配對肯定不完全,不會出現完整的雙鏈螺旋
總結
以上是生活随笔為你收集整理的目前,有哪些技术可以很精确地检测出基因组异常呢?的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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