1、下載安裝bcftools。

2、準備樣本ID文件，這里命名為samplelistname.txt，一個樣本一行，如下所示：

sample1

sample2

sample3

3、輸入命令：

bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf

?

參考鏈接：

https://www.biostars.org/p/184950/

https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#view

轉載于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/9212170.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的使用bcftools提取指定样本的vcf文件（extract specified samples in vcf format）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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