一、軟件下載

http://software.broadinstitute.org/software/igv/download

這里以下載 Windows 版本為例，下載帶有 Java 的版本，方便安裝。

由于大部分數據是通過服務器跑出的結果，所以也有小伙伴有在 Linux 服務器端使用的需求。這里推薦幾種方式：

• 配合遠程控制軟件來使用，國產推薦 Todesk，向日葵
• 話說目前有部分單位禁止遠程軟件，推薦結合 Jupyter 來使用
• 建立 FTP 來通過 url 訪問

建議最好安裝在固態硬盤所在分區，提高加載速度。

如果沒有在桌面找到 IGV 軟件，按住 Win 鍵，搜索 igv 可以找到并運行

IGV 有下載文件的需求，所以通過網絡訪問權限

二、軟件介紹

1、數據載入

為了方便介紹功能，我們需要先下載幾個測試數據：

測試數據下載：

下面的數據來自人肝臟的 DNaseq 數據，分別為bigbed 文件與 bigwig 文件：

bigbed 文件：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE172690&format=file&file=GSE172690%5FENCFF812QNX%5Fpeaks%5Fmm10%2EbigBed

bigwig 文件：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE172690&format=file&file=GSE172690%5FENCFF705ESF%5Fread%2Ddepth%5Fnormalized%5Fsignal%5Fmm10%2EbigWig

想了解更多基因組相關文件格式：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/109367884

載入數據：

成功載入數據

切換其中一個染色體：

2、軟件面板

這里分五大部分來介紹：

• 工具欄

• 軌跡信息欄

• 基因組窗口

• 軌跡窗口

• 基因窗口

1、工具欄

從左到右依次為劃分為三個小工具：

參考基因組工具

a. 選擇參考基因組物種及版本，如果沒有本地版本，需要聯網下載

b. 選擇染色體編號

c. 搜索染色體區間，格式如圖所示，最常用的功能還是輸入感興趣的基因，直接跳轉到對應的位置

視圖操作工具

依次為主頁面，前一步，后一步，刷新，定義區域，Trace適屏，彈出信息顯示

縮放工具

用于控制整個視圖的縮放比例，快捷鍵

2、軌跡信息欄

右鍵可以打開菜單，進一步修改，后面詳細來研究。

3、基因組窗口

上部分為整條染色體，點擊即可跳轉該位置

下半部分為目前染色體可見部分對于的染色體位置，用刻度線標識，單位為堿基數。

4、軌跡窗口

每一行代表一個樣本的 Trace

5、基因窗口

顯示基因的特征區域，可以與 Trace 面板配合，來查看研究區域的生物學信號。

三、常用操作

1、下載參考基因組及注釋

• 左上角點擊 More:

• 搜索物種名及其參考基因組版本：

  更多參考基因組知識：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/117486244

• 進入下載進度，這一步比較慢，建議科學上網或晚上掛著下載

2、數據加載

目前支持的格式包括：

• 序列比對：bam，cram
• 基因組注釋：bed, gtf, gff3, psl, bigbed
• 信號數據：wig, bedgraph, bigwig, tdf
• 拷貝數：seg

拖動文件到軌跡窗口

本地文件載入

右上角點擊 File -> Load from File，選擇本地文件即可

通過 URL 加載

如谷歌的數據gs://genomics-public-data/platinum-genomes/bam/NA12877_S1.bam，自己有服務器最好建立 ftp 站點，方便查看

通過官方服務器加載

這里有一些公共項目的數據集，有興趣的小伙伴可以多瀏覽

3、搜索

在工具欄的搜索框輸入，圖中 C 的位置：

有幾種搜索方式：

• 按基因組坐標搜索：chr6:64,664,854-64,666,044
• 按基因名搜索：如 pou5f1，但是不支持別名等其他名稱搜索
• 按突變搜索，支持兩種格式：
  • 如KRAS:G12C，搜索 KRAS 第 12 個氨基酸上，從G 到 C 的突變。* 表示終止密碼子
  • 如 123A>T，搜索 KRAS 第 123 個氨基酸，從 A 到 T 的突變

4、放大縮小

• 放大：
  • 雙擊軌跡窗口
  • 按住 Shift 健，單擊軌跡窗口
  • 點擊縮放工具 +
  • 在基因組標尺窗口按住左鍵滑動，選中區域便會放大
• 縮小：按住 Alt 健，單擊軌跡窗口

5、滾動平移

• 水平移動
  • 按住左鍵在軌跡窗口左右拖動
  • 點擊基因組標尺或染色體圖
  • ← 和 →鍵
  • Home 和 End 鍵
• 垂直滾動
  • 按住左鍵在軌跡窗口上下拖動
  • ↑ 和 ↓ 鍵
  • Page Up 和 Page Down 鍵

6、右鍵菜單

在軌跡信息欄和基因窗口都可以右鍵呼出如下菜單欄，我們在出圖時會依次用到

四、繪圖

1、折線圖

右鍵選擇折線圖選項

修改顏色

設置顏色

設置數據值域

這里試試設置不同的數據范圍，也就是值域，這里注意 Y 軸變化

• 設置Min,Mid,Max 依次為 0,0,0.2，效果如下

• 設置Min,Mid,Max 依次為 -0.2,0,0.2，效果如下

• 設置Min,Mid,Max 依次為 -1,0,1，效果如下

最終效果如下：

2、散點圖

切換到散點圖選項

設置同折線圖，效果如下

3、條形圖

切換到條形圖

設置同折線圖，最終效果

4、熱圖

選擇熱圖選項

配置參數

設置

效果

總結一下，一共可以繪制四種圖，包括：

熱圖

折線圖

條形圖

散點圖

5、基因

右鍵可以打開設置菜單，一共有三種形式選擇：

堆疊形式

多個轉錄本堆疊在一起顯示

展開形式

分別顯示多條轉錄本

壓縮形式

樣本參數設置

基因特征顯示

6、保存圖片

支持格式兩種 png，svg。這兩種格式導出后，用 PS 和 AI 修改后就是論文中常見的圖啦。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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