蛋白質數據庫

蛋白質數據庫的類型有：UniProtKB、PDB、Pfam、CATH、SCOP2、KEGG、OMIM。

UniProtKB

屬于一級蛋白質數據庫。網址為：

http://www.uniprot.org/

其三個層次數據庫：

UniPrac：收錄所有UniProt數據庫子庫的蛋白質序列，數量大。

UniRef：歸納UniProt幾個主要數據庫并重復系列去除后的數據庫。

UniProtKB: 詳細注釋并與其他數據庫有鏈接的數據庫，又分為UniProtKB、Swiss-Prot和UniProtKB、TrEMBL。其中Swiss-Prot中的數據是實驗所得，經過人工檢查后的完成的注釋，而TrEMBL是自動完成的注釋。

使用方法：

搜尋所要查找的蛋白質，會出現如下圖所示：

在注釋標簽當中有很多列，包括功能、名稱、蛋白質亞細胞定位信息、翻譯后修飾/加工信息、基因在mRNA水平上的表達信息、蛋白質互作的信息、蛋白質二級/三級結構信息（只有經過實驗測驗后）、蛋白質家族和結構域信息、蛋白質序列、相關文獻等。

PDB

屬于一級蛋白質結構數據庫。網址為：

http://www.rcsb.org/

搜索部分顯示有關蛋白質的基本信息，如果要看其他信息則下載PDB format的一個.pdb文件，文件可用記事本打開，文件當中包括：分子類別、關鍵詞、測定結構采用的方法、一級結構信息、氨基酸序列、對標準殘基的修飾、二級結構、殘基間的化學鍵、3D坐標（原子坐標）、原子鍵信息等。

Pfam

屬于二級蛋白質數據庫，蛋白質結構家族的集合。網址為：

http://pfam.xfam.org/

CATH

屬于二級蛋白質結構庫。網址為：

http://cathdb.info/

CATH名字分別是數據庫中四種結構的分類層次的首字母，即蛋白質種類（class,C），蛋白質二級結構的構架（architecture，A），蛋白質的拓撲結構（topology[fold]，T），蛋白質同源超家族（homologous superfamily，H）。

SCOP2

屬于二級蛋白質結構數據庫。
SCOP2分類基于四個層次：類（二級結構成分）、家族（空間幾何關系）、超家族（遠源的蛋白質進化關系）和折疊（相近的蛋白質進化關系）。

KEGG

屬于一個專用數據庫，關于基因、蛋白質、生化反應以及通路的綜合生物信息數據庫，可提供方方面面的信息。

生物總代謝的信息圖KO：蛋白質（酶）的一個分類體系，序列高度相似，并且在同一條通路上有相似功能的蛋白質被歸為一組，打上KO的標簽。

OMIM

專用數據庫，提供遺傳疾病及相關基因位點的信息。網址為：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim

總結

以上是生活随笔為你收集整理的生物蛋白质数据库类型【总结】的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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