給定一個(gè)基因表達(dá)矩陣和樣本分組信息，如何繪制樣品整體表達(dá)箱線圖、單個(gè)或多個(gè)基因表達(dá)箱線圖。

獲取示例數(shù)據(jù)

我們從中截取前面4行作為演示例子。

利用工具Wide to Long把表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)換為長(zhǎng)表格

把數(shù)據(jù)表粘貼到http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27OA%3D%3D%27的文本輸入處，點(diǎn)擊Check data，確認(rèn)數(shù)據(jù)無(wú)誤，點(diǎn)擊Submit獲得結(jié)果，下載下來(lái)，為文件bd3ebbe9-935d-4629-82bd-6d134c2aa386.WideToLong.txt。

文件內(nèi)容如下：

利用工具M(jìn)erge Matrixes合并表達(dá)信息和樣本表

把上一步獲得的長(zhǎng)矩陣和最開(kāi)始的sampleFile粘貼到http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27NQ%3D%3D%27的2個(gè)文本域（順序沒(méi)有關(guān)系），點(diǎn)擊Check data，確認(rèn)數(shù)據(jù)無(wú)誤；

選擇共有的列用于合并，如矩陣1的variable列（這個(gè)名字是上一步默認(rèn)生成的，可以修改）和矩陣2的Samp列。圖中標(biāo)黃的為我們修改過(guò)的參數(shù)。

獲得文件 40e4af19-206e-4f64-b21b-d0e78936fee1.matrix_combined.txt，文件內(nèi)容如下：

繪制樣本整體表達(dá)箱線圖

把上一步獲得的文件粘貼到箱線圖繪制工具h(yuǎn)ttp://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27MQ%3D%3D%27，點(diǎn)擊Check data，確認(rèn)數(shù)據(jù)無(wú)誤；

選擇variable列，也就是樣本名字列，作為X-axis variable；

選擇value列, 也就是表達(dá)數(shù)據(jù)列，作為Y-axis variable；

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為L(zhǎng)egend variable，默認(rèn)通過(guò)這一列上色作為圖例。

點(diǎn)擊Submit，就可以獲得繪制的圖（png，pdf）格式和對(duì)應(yīng)的代碼。

除了看整體，連上單個(gè)基因查看下，增加一個(gè)參數(shù)Group variable for lining points，設(shè)置為id列，也就是基因名字列。

繪制單個(gè)/多個(gè)基因表達(dá)小提琴圖

數(shù)據(jù)無(wú)需變動(dòng)

選擇id列，也就是基因名字列，作為X-axis variable；

選擇value列, 也就是表達(dá)數(shù)據(jù)列，作為Y-axis variable；

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為L(zhǎng)egend variable，默認(rèn)通過(guò)這一列上色作為圖例。

在Layout and colors面板下，設(shè)置:

設(shè)置Plot type為Violin plot;

繪制單個(gè)基因表達(dá)小提琴圖

數(shù)據(jù)無(wú)需變動(dòng)

選擇id列，也就是基因名字列，作為X-axis variable；

選擇value列, 也就是表達(dá)數(shù)據(jù)列，作為Y-axis variable；

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為L(zhǎng)egend variable，默認(rèn)通過(guò)這一列上色作為圖例。

設(shè)置variable order

X-axis variable order為ENSG00000109906，默認(rèn)帶篩選功能，只選擇這一個(gè)基因繪制；

設(shè)置Legend variable order為untrt,trt，對(duì)照在前，處理在后。

增加統(tǒng)計(jì)標(biāo)記

通過(guò)預(yù)設(shè)的顏色集修改顏色

直接選擇多個(gè)顏色進(jìn)行上色

這兩種修改顏色的方法是互斥的，一次只能用一種，一次也只能用一種。

繪制單個(gè)/多個(gè)基因表達(dá)小提琴圖(分面)

數(shù)據(jù)無(wú)需變動(dòng)

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為X-axis variable；

選擇value列, 也就是表達(dá)數(shù)據(jù)列，作為Y-axis variable；

選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為L(zhǎng)egend variable，默認(rèn)通過(guò)這一列上色作為圖例。

在Layout and colors面板下，設(shè)置

設(shè)置Plot type為Violin plot;

設(shè)置Facet variable為id列，也就是基因名字列，按基因名分面顯示。

測(cè)試數(shù)據(jù)獲取：https://gitee.com/ct5869/bic

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的无代码绘制基因表达箱线图的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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