老話重提，統(tǒng)計(jì)圖，和科研領(lǐng)域里的大多數(shù)圖像數(shù)據(jù)伴生，是一種大家喜聞樂(lè)見的，直觀表現(xiàn)數(shù)據(jù)結(jié)果的形式。

只要是個(gè)圖如果沒(méi)有伴隨統(tǒng)計(jì)，reviewers 總會(huì)叨叨「請(qǐng)給出統(tǒng)計(jì)結(jié)果」。加上統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)的文章看起來(lái)的確更具說(shuō)服力呢！

之前我們推出的第一個(gè)教程《手把手教你用軟件便捷地?cái)?shù)細(xì)胞》，既教你認(rèn)識(shí)這個(gè)軟件 Imaris，又教你怎么數(shù)密密麻麻的細(xì)胞，區(qū)分不同的 marker 陽(yáng)性的細(xì)胞以及計(jì)數(shù)它們。

那么問(wèn)題來(lái)了，如果有人并不關(guān)心細(xì)胞數(shù)量，而關(guān)心細(xì)胞的面積，那該如何是好呢？

一般在研究細(xì)胞生長(zhǎng)時(shí)候非常實(shí)用，如評(píng)估同等量細(xì)胞的生長(zhǎng)速度，通過(guò)比較體外培養(yǎng)細(xì)胞的匯合率來(lái)得到初步結(jié)論；或研究不同類型細(xì)胞的表面積，給細(xì)胞分型。

舉個(gè)栗子(為了保護(hù)自己的數(shù)據(jù)隱私，我只是隨便拿個(gè)廢棄的不咋好看的圖來(lái)演示如何使用軟件)

1.打開軟件 Imaris，打開圖片，在工具欄點(diǎn)擊「surface」按鈕(紅色箭頭所示)，即可出現(xiàn)如藍(lán)框所示的 Surface 1。

2.讓大家看一眼原始的圖片，并明確下此行目的：將當(dāng)前界面紅色陽(yáng)性的區(qū)域的表面積計(jì)算出來(lái)(你也可以計(jì)算明場(chǎng)細(xì)胞的面積，細(xì)胞核的面積 等等)。

3.點(diǎn)擊左下方「Next」朝右的箭頭(紅色箭頭所示)，此處先不要點(diǎn)擊橘黃色箭頭所示的方框，自動(dòng)完成的 surface 可能不那么準(zhǔn)確，但是如果你只是大略看看面積，建議使用 automatic creation，一步到位。

4.之后界面變成 2 / 4 Algorithm，此時(shí)可以調(diào)節(jié)的界面有 Smooth.

5.接著點(diǎn)擊「Next」的藍(lán)色箭頭，系統(tǒng)開始創(chuàng)建 surface，界面轉(zhuǎn)換為下面的樣子。之前紅色信號(hào)陽(yáng)性的區(qū)域被灰色的實(shí)心區(qū)域覆蓋。

通過(guò)調(diào)節(jié)紅色方框 highlight 的淺黃色矩形的面積可以讓 surface 被創(chuàng)建的更密集 or 稀疏(調(diào)大黃色區(qū)域，更密集；反之更稀疏)。

6.當(dāng)發(fā)現(xiàn)自動(dòng)調(diào)節(jié)的閾值覆蓋了更多的區(qū)域——如靠上面的面積非常小的紅色信號(hào)區(qū)域也被灰色的 surface 覆蓋了，但是這些顯然并不是細(xì)胞，那么我們就往右拖動(dòng)淺黃色區(qū)域，得到如下的圖。

7.點(diǎn)擊「Next」，得到如下被加工好的圖。系統(tǒng)將灰色變成了白色，通過(guò)視覺變化決定是否對(duì)圖進(jìn)行調(diào)整，此時(shí)可以回到 4 個(gè)進(jìn)程的任何一步再進(jìn)行修繕，確定沒(méi)有修改之處后再進(jìn)行下一步來(lái)最終確認(rèn)所有的操作。

8.點(diǎn)擊「完成」按鈕(紅色箭頭所示)，此時(shí)開弓沒(méi)有回頭箭了，且我們也將要得到我們想要的分析結(jié)果。

9.完成(此時(shí)建立的 surface 變成通道顏色-紅色。并且與之前的信號(hào)疊加起來(lái)。可以點(diǎn)擊勾掉通道熒光，只留下 surface，觀察一下是否合意)。

10.如下是僅有 surface 的界面(和原始圖片比較一下，更好看了呢)。

11.在(紅色矩形標(biāo)記的)數(shù)據(jù)曲線處的 detailed 欄目里可以找到圖中所有(specific values)的 surface 的面積(Area)數(shù)據(jù)。

12.將這些數(shù)據(jù)復(fù)制或者輸出(點(diǎn)擊下方的保存按鈕)到 excel 里。進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。針對(duì)體外培養(yǎng)的細(xì)胞，有時(shí)會(huì)有一些雜質(zhì)，此時(shí)可以在 excel 里將不是細(xì)胞大小的全部去掉即得到了所有 surface 的面積信息。

當(dāng)然關(guān)于 surface 的熒光強(qiáng)度、位置等信息也可以一并在 Imaris 軟件中的 Detailed 欄目的下拉框中選擇并保存獲取。

13.如果是體外培養(yǎng)細(xì)胞分析匯合率，則從拍攝軟件中可以獲取整個(gè)圖片區(qū)域的面積(或者從 Imaris 里獲取，如下圖，獲得 X-Y 軸的最大量程計(jì)算表面積)，并用總的細(xì)胞面積除以區(qū)域總面積獲得匯合率。

今天的分享結(jié)束啦，敬請(qǐng)期待后續(xù)的系列教程哦～

圖片來(lái)源：作者提供

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的matlab计算每个细胞面积,手把手教你用 Imaris 计算细胞面积的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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